InfoGraphics Μάριος Δαμίγος Αθανάσιος Λιατσικούρας

Εισαγωγή Στη Βιολογία πολύ σημαντικό ρόλο παίζουν οι πειραματικές διαδικασίες. Τα αποτελέσματα που λαμβάνονται δίνουν την δυνατότητα στον Βιολόγο να κατανοήσει την λειτουργία των ζώντων οργανισμών. Για να μπορέσει όμως ο Βιολόγος να επεξεργαστεί τα αποτελέσματα ενός πειράματος, θα πρέπει αυτά να επεξεργαστούν και να παραχθούν στη συνέχεια γραφήματα που θα κάνουν την μετεπεξεργασία και την αποκωδικοποίηση των αποτελεσμάτων πιο εύκολη και σύντομη.

Εισαγωγή Infographics ονομάζεται η οπτική απεικόνιση δεδομένων ή αποτελεσμάτων μίας έρευνας ή μίας πειραματικής διαδικασίας.

Το πείραμα Κατά την διάρκεια της παρούσας εργασίας, λήφθηκαν δεδομένα από ένα πείραμα κατά το οποίο μελετούταν η συμπεριφορά 5 cell lines υπό την επιροή 8 διεγερτών και 12 αναστολέων σε όλους τους πιθανούς συνδυασμούς. Για κάθε cell line στο τέλος του πειράματος μετρήθηκαν οι παραγόμενες ποσότητες 21 διαφορετικών πρωτεινών.

Το πείραμα Τα ανωτέρω αποτέλεσαν στοιχεία ενός πενταδιάστατου μητρώου (cell lines, πρωτείνες, αναστολείς, διεγέρτες, χρονική διάρκεια πειράματος).

Το πείραμα Εφόσον οι ποσότητες των πρωτεινών μετρούταν στο τέλος του πειράματος, ο χρόνος δεν είναι ουσιαστικά διάσταση του μητρώου αλλά ψευδο-διάσταση, καθώς λαμβάνει την τιμή 0 για την κατάσταση των κυττάρων προ-διέγερσης και την τιμή 1 στο τέλος του πειράματος (διέγερσης). Για τις ενδιάμεσες τιμές δεν γίνεται αναφορά.

Cell Lines Hep3b Πρόκειται για ηπατικά επιθηλιακά κύτταρα ανθρώπων γένους αρσενικού που έχουν προσβληθεί από Ηπατίτιδα Β. Τα άτομα από τα οποία προέρχονται είναι 8 ετών. Παρουσιάζουν ενδιαφέρον καθώς γίνεται έλεγχος για ηπατο-κυτταρικό καρκίνωμα.

Cell Lines Hep3b

Cell Lines Hepg2 Πρόκειται για ηπατικά κύτταρα ανθρώπων γένους αρσενικού. Προέρχονται από ανθρώπους 15 ετών.

Cell Lines Hepg2

Cell Lines Huh7 Πρόκειται για ηπατικά κύττρα ανθρώπων γένους αρσενικού που χρησιμοποιούνται για την μελέτη του ηπατικού καρκίνου. Προήλθαν από 57-χρονους ανθρώπους.

Cell Lines Huh7

Cell Lines Mhc Αρχικά για Major Histocompatibility Complex. Είναι μια σειρά από επιφανειακά κυτταρικά μόρια που κωδικοποιούνται από μια οικογένεια γονιδίων που ελέγχουν το ανοσοποιητικό σύστημα στα σπονδυλωτά.

Cell Lines Normal Πρόκειται για τα ανωτέρω Cell lines χωρίς όμως τις ηπατικές ασθένειες.

Stimuli/ Inhibitors Χρησιμοποιούνται οι εξής 8 διεγέρτες: Il1b, Tgfa, Her, Ins, Hgf, Il6, Tnfa, Dme Χρησιμοποιούνται οι εξής 12 αναστολείς: Lapa, Gefi, Sora, Erlo, Vande, Suni, Dasa, Borte, Inj, Mekpd32, Pi103, Dmso

Μετρούμενες Πρωτείνες Μετρώνται οι εξής 21 πρωτείνες: AKT, ERK12, GSK3, HISTH3, HSP27, IKB, IRB, IRS1, JNK, MEK1, P38MAPK, P70S6, P90RSK, SRC, STAT3, CKIT, CMETHGFR, ERBB2, IGFR, PDGF

Infographics Τα Infographics όπως προαναφέρθηκε ασχολούνται με την σχηματική απεικόνιση πληροφοριών με τρόπο ώστε ο αναγνώστης να μπορεί εύκολα να την διαχειριστεί.

Data-Rail Μέχρι πρότινος τα δεδομένα από τέτοια πειράματα πλοτάρονταν με Data-Rail.

Data-Rail Ένα Data-Rail για την περίπτωση του πειράματος μας, και εφόσον ο χρόνος αποτελεί ψευδο-διάσταση, θα μπορούσε να είναι

Data-Rail

3D-Bars Εναλλακτικά προτείνεται το πλοτάρισμα μέσω τριδιάστατων ραβδογραμμάτων: Με τους αριθμούς 1-12 λογίζονται αντίστοιχα τα: Lapa, Gefi, Sora, Erlo, Vande, Suni, Dasa, Borte, Inj, Mekpd32, Pi103, Dmso Έτσι προκύπτουν τα διαγράμματα:

3D-Bars

Στα ανωτέρω διαγράμματα το παρουσιαζόμενο μέγεθος είναι το πηλίκο της εκάστοτε ποσότητας πρωτείνης προς την αντίστοιχη ποσότητα σε unstimulated state.

Ερωτήσεις