Ο Πιζάρο γεννήθηκε στις 16 Μαρτίου 1478 στο Τρουχίλο της Ισπανίας. Ήταν γιος ενός Ισπανού συνταγματάρχη και δεύτερος ξάφελφος του Έρνάν Κορτές, του κατακτητή των Αζτέκων.
Στις 13/02/1502 απέπλευσε με στόλο 30 πλοίων και στρατιώτες προς την Ισπανιόλα. Εξερεύνησε περιοχές κοντά στον Παναμά, νότια της Διώρυγας και στην Νότια Αμερική. Το 1522 πληροφορήθηκε ότι νοτιότερα υπάρχουν μυθικές πολιτείες με μεγάλες ποσότητες χρυσού, εννοώντας τις πόλεις των Ίνκας στο σημερινό Περού.
Το 1532 ξεκίνησε για την κατάκτηση του Περού με μικρή αριθμητικά δύναμη, 180 ατόμων, ένα πυροβόλο και 27 άλογα. Υποχρέωσε τους Ίνκας να δεχτούν επίσημα την κυριαρχία της Ισπανίας και να ασπαστούν τον Χριστιανισμό.
Ο Πιζάρο ήρθε σε διαφωνία με τον σύντροφο Ντιέγο Ντε Αλμάγρο σχετικά με τον τρόπο διοίκησης και με την μοιρασιά της λείας. Διέταξε τότε την εκτέλεση του Ντε Αλμάγρο Ο γιος του Ντε Αλμάγρο προκειμένου να εκδικηθεί για τον θάνατο του πατέρα του, δολοφονεί τον Πιζάρο το 1541