Ιστορία Μετά την ήττα των Φράγκων στη μάχη της Πελαγονίας το 1259, το κάστρο του Μυστρά παραχωρήθηκε στο Βυζαντινό αυτοκράτορα Μιχαήλ Η' Παλαιολόγο. Από το 1262 έγινε έδρα βυζαντινού στρατηγού του "σεβαστοκράτορος" και από τότε άρχισε η κυρίως ιστορική περίοδός του, που διήρκεσε δύο αιώνες. Οι κάτοικοι της γειτονικής Λακεδαίμονος έρχονται και εγκαθίστανται γύρω από το κάστρο, γι' αυτό και η κατοικημένη περιοχή, που ονομάζεται χώρα οχυρώθηκε με τείχος. Συν τω χρόνω δημιουργήθηκε και νέα συνοικία, έξω από το τείχος, που ονομάσθηκε κάτω χώρα και προστατεύθηκε επίσης με τείχος. Από το 1308 το σύστημα της διοικήσεως μεταβάλλεται και οι στρατηγοί γίνονται μόνιμοι διοικητές και κατά τα μέσα του 14ου αιώνα ο Μυστράς καθίσταται πρωτεύουσα της Βυζαντινής Πελοποννήσου. Έτσι δημιουργήθηκε το Δεσποτατο του Μωρεως. Συνετοί Δεσπότες, όπως ο Μανουήλ Καντακουζηνός, ο Θεόδωρος Β' Παλαιολόγος, ο Κωνσταντινος ο Β΄ Παλαιολογος, ο μετέπειτα τελευταίος αυτοκράτωρ του Βυζαντίου, συνετέλεσαν ώστε ο Μυστράς να επεκτείνει την εξουσία του σε όλη την Πελοπόννησο και να γίνει εστία της πολιτικής και πνευματικής ζωής της αυτοκρατορίας, καθώς και το κέντρο της αναγεννήσεως των γραμμάτων και των τεχνών. Σοφοί, καλλιτέχνες και λόγιοι συγκεντρώνονταν στην αυλή του Δεσπότου, σπουδαιότερος και σημαντικότερος απ' όλους, ο Γεώργιος Γεμιστός ή Πλήθων.

Το 1460 ο Μυστράς παραδίνεται στους Τούρκους και από τότε αρχίζει η παρακμή του. Την περίοδο 1687 έως 1715 τον Μυστρά, όπως και όλη την Πελοπόννησο, τον κατείχαν οι Βενετοί. Και το 1770, κατά την επανάσταση του Ορλώφ, ένα μικρό στράτευμα Ελλήνων και Ρώσων έκλεισε την τούρκικη φρουρά μέσα στο κάστρο. Τότε οι Τούρκοι κάτοικοι της πόλεως, αν και παραδόθηκαν με τον όρο να εξέλθουν με τις οικογένειές τους, κατά την έξοδό τους εξολοθρεύτηκαν από απειθάρχητους Μανιάτες, που μόνο χάρη στον τότε Μητροπολίτη που μπήκε μεσ΄ τη μάχη με το σταυρό κατόρθωσε να συγκρατήσει τους Μανιάτες. Στην επανάσταση του 1821 η συμμετοχή του Μυστρά είναι σημαντική. Το 1825 λεηλατήθηκε από τους Αιγυπτίους του Ιμπραήμ και από τότε σιγά σιγά εγκαταλείφθηκε και ιδρύθηκε ο νέος Μυστράς, το σημερινό ομώνυμο χωριό στους πρόποδες του λόφου. Με την ίδρυση του ελεύθερου κράτους οι Αρχές της επαρχίας Λακωνίας εγκαταστάθηκαν στον ερειπωμένο Μυστρά, λίγο όμως αργότερα, το 1834 ο Βασιλιάς Όθων θεμελιώνει τη νέα πόλη, τη Σπάρτη, επί του πρώτου πολεοδομικού σχεδίου που εκπονήθηκε στην Ελλάδα για να ακολουθήσει στη συνέχεια το Γύθειο, μετά από αίτηση των κατοίκων του Μυστρά να επανασχεδιαστεί η πόλη της Σπάρτης από αρχιτέκτονες που ο Ιωάννης Καποδίστριας θα έστελνε, πριν τη δολοφονία του. Από τότε άρχισαν να εγκαταλείπουν το Μυστρά και οι τελευταίοι κάτοικοί του. Ένα δίστιχο που λεγόταν γύρω στα 1840 εγκωμίαζε τα διπλανά χωριά, ενώ υπενθύμιζε την εγκατάλειψη του Μυστρά. "Παρόρι με τα κρύα νερά κι΄ Άι Γιάννη με τ΄ άνθη. κι΄ εσύ, καημένε μου Μυστρά, που σ΄ έφαγεν η Σπάρτη".