fMRI: περιορισμοί Block design: δίνει καλή αναλογία της διαφοράς (contrast) προς το θόρυβο, επειδή η επανάληψη του ερεθίσματος προσφέρει δεδομένα για στατιστική επεξεργασία χρειάζεται πολύς χρόνος για αρκετές επαναλήψεις αυτό σημαίνει ότι μπορεί κατά τη διάρκεια του session να αλλάξει το επίπεδο διέγερσης του συμμετέχοντα, άρα το αποτέλεσμα έχει διακύμανση (ανεπιθύμητη είσοδος σφάλματος) Event – related design: χρόνος απόκρισης που προσεγγίζει την υποκείμενη νευρωνική δραστηριότητα adaptation design: συνεχής έκθεση στο ίδιο ερέθισμα (adaptation)  μείωση σήματος fMRI προβολή ερεθίσματος που διαφέρει σε κάποια παράμετρο αναμένεται είτε το σήμα να ανακάμψει (η περιοχή ευαισθητοποιείται στην αλλαγή), είτε να παραμείνει σε χαμηλά επίπεδα (περιοχή νευρώνων που έχουν προσαρμοστεί).

feedforward – feedback: η μέτρηση σήματος σε μία περιοχή που θεωρούμε ότι ενεργοποιείται σε ένα έργο, περιλαμβάνει συνδέσεις που εκτός από τη συσχέτισή τους με το ερέθισμα (stimulus related) ή την απόκριση (response related) μπορεί να συνεισφέρουν σε συνδέσεις με άλλες περιοχές (πχ φλοιός – θάλαμος, ενδοφλοιϊκές, κλπ). Οι συνδέσεις αυτές συνεισφέρουν στο σήμα χωρίς όμως να μπορεί η ενεργοποίησή τους να συσχετιστεί άμεσα με το έργο. excitatory – inhibitory activity: η περιοχή που καταγράφεται περιλαμβάνει συνδέσεις ορισμένες από τις οποίες είναι διεγερτικές και άλλες που είναι ανασταλτικές. Ενδιάμεσοι νευρώνες επίσης συμμετέχουν στο έργο σε επίπεδο νευρωνικών κυκλωμάτων, καταναλώνοντας ενέργεια1. Αυτό πιθανώς επηρεάζει την αιμοδυναμική της περιοχής, επομένως μετριέται στο σήμα. Άρα ο σχεδιασμός πρέπει να λαμβάνει υπόψη το σύνολο των σχέσεων αναστολής – ενεργοποίησης των συνδέσεων της περιοχής που καταγράφεται. 1 Buzsaki, G., Kaila, K. & Raichle, M. (2007) Inhibition and Brain Work. Neuron, 56, 771-783. https://doi.org/10.1016/j.neuron.2007.11.008

επιλεκτικότητα: σε πολλές περιοχές υπάρχει λειτουργική εξειδίκευση (πχ περιοχές του οπτικού φλοιού). Αυτό σημαίνει ότι σε μία περιοχή που καταγράφεται (πχ σε ένα voxel) [όπου μπορεί να περιέχονται εκατομμύρια νευρώνες] μπορεί να υπάρχουν διαφορές στην ενεργοποίηση ανάλογα με τα χαρακτηριστικά του ερεθίσματος (προσανατολισμός, χρώμα, φωτεινότητα, κίνηση κλπ πχ στον οπτικό φλοιό). Άρα ορισμένοι μόνο νευρώνες θα ενεργοποιηθούν. Ανάλογα με το σημείο καταγραφής, το σήμα θα διαφοροποιηθεί συναρτήσει του ποσοστού μη ενεργών νευρώνων, της κατανομής τους κλπ δίκτυα κατανεμημένης λειτουργίας, επικαλυπτόμενες χωρικά περιοχές που συμμετέχουν στην ίδια λειτουργία: το έργο μπορεί να υποστηρίζεται από περιοχές είτε απομακρυσμένες, είτε που έχουν χωρική επικάλυψη. Αντίστοιχα αυτό επηρεάζει τα συμπεράσματα που βγάζουμε για το σήμα που παίρνουμε από την ενεργοποίηση των περιοχών.