Προσδιορισμός γονοτύπων ατόμων σε περιοχές ‘γενετικών δεικτών’ ΓΕΝΕΤΙΚΟΙ ΧΑΡΤΕΣ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΩΝ ΧΑΡΤΟΓΡΑΦΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΝ ΑΣΘΕΝΕΙΩΝ ΣΥΓΚΡΙΣΗ / ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ ΑΤΟΜΩΝ / ΠΛHΘYΣΜΩΝ
Xαρακτηριστικά γενετικού δείκτη Μοναδιαία θέση A1 Μενδελική κληρονόμηση A2 Πολυμορφισμός
Μικροδορυφόροι Mοναδιαία αλληλουχία Eπανάληψη 1-5bp Εκκινητές PCR (GT)n (GAC)n (GATA)n …… 1/ 20 Kb στο ανθρώπινο γονιδίωμα
Παράδειγμα : μικροδορυφόρος Α 10 ……………………………………ACAACCCTAC CTGGCACTGC ATTGTGGGCC GAAACTTCGG GAGTTATGTG ACACATGAAC CCAAACACTT CATCTACTTC TACCTGGGTC GGGTGGCCAG TCTTCTGTTC AAATCTGGTT AAGAGCATGG ACTGTGCCAA ACACCCAGTG ACCCATCCAA AAACAAGGAC TGCATCCAAA GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT TYCCAAATAC CAGAGACTGA ATCTTCAGCC TTGCTAAGGG AACACCTCGT TTGAATCTGT TGTGTTGTGT ACAGGGCTTC ATTCTCTGTA CAAGTCTGTG GTTATAAAAT TAGTAAAACC GCTTACATTT GTATTTATTT TCTAGTCCAT ACTTCTGTAC CCTGAGCGGC CGCTGGATCC…………………. Εκκινητής 1 Εκκινητής 2 PCR
Πειραματική διαδικασία PCR DNAs (1, 2, 3, 4) PCR εκκινητές (σήμανση του εκκινητή 1 με 32P) 1 2 3 4 Marker 1 2 3 4 (bp) 5 120 116 4 4 Ηλεκτροφόρηση 112 4 6% πολυακρυλαμίδη 0.5x TBE, 7 M Urea 108 3 2 104 2 Αυτοραδιογραφία 1 100
1 / 6 1 / 2 2 / 3 6 / 6 3 / 4 1 / 5 2 / 2 2 / 4 ΑΝΑΛΥΣΗ ΓΟΝΟΤΥΠΩΝ 6 5
Συχνότητα αλληλομόρφου Αριθμός εμφανίσεων του αλληλομόρφου Αριθμός χρωμοσωμάτων που εξετάζονται Ποσοστό ετεροζυγωτίας γενετικού δείκτη Αριθμός ετερόζυγων ατόμων Χ 100 % Σύνολο ατόμων
Ποσοστό ετεροζυγωτίας: Α Β Γ Δ Ε ΣΤ Ζ Η 1 2 3 4 5 6 1 / 6 1 / 2 2 / 3 6 / 6 3 / 4 1 / 5 2 / 2 2 / 4 Ποσοστό ετεροζυγωτίας: Ετερόζυγα άτομα / σύνολο ατόμων = 6 / 8 = 75% (άτομα μη συγγενικά !!) Aλληλόμορφα Μεγέθη (bp) Συχνότητες 1 210 3 / 16 2 214 5 / 16 3 218 2 / 16 4 222 5 226 1 / 16 6 230
‘Αξιολόγηση’ γενετικών δεικτών Συχνότητες αλληλομόρφων Γενετικός δείκτης 1 Αλληλόμορφα : 8 % ετεροζυγωτίας : 20% Γενετικός δείκτης 2 Αλληλόμορφα : 8 % ετεροζυγωτίας : 85%
13 14 15 16 Οικογένεια CEPH # 104 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 D10S2314 DNA
Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA από 40 μη συγγενικά άτομα Άσκηση 1η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA από 40 μη συγγενικά άτομα των οικογενειών CEPH, για τον μικροδορυφόρο D10S2314 (*) 2.2 37.1 37.2 17.1 17.2 21.1 21.2 23.1 23.2 28.1 28.2 35.1 35.2 1345.1 1345.2 1346.1 1346.2 1350.1 1350.2 45.1 45.2 1331.1 1331.2 1334.1 1334.2 1375.1 1375.2 1377.1 1377.2 1408.1 1408.2 1420.1 1420.2 1423.1 1423.2 13293.1 13293.2 13292.1 13292.2 2.1 (*) D10S2314: επανάληψη του τετρανουκλεοτιδίου (GATA) στο χρωμόσωμα 10
ΠΙΝΑΚΑΣ 1 : Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον D10S2314 Ατομο Γονότυπος Άτομο 2.1 2 / 2 45.1 5 / 6 2.2 3 / 4 45.2 4 / 5 37.1 1331.1 37.2 1331.2 17.1 1334.1 17.2 3 / 7 1334.2 21.1 1375.1 21.2 1375.2 23.1 1377.1 2 / 5 23.2 1377.2 28.1 4 / 4 1408.1 3 / 3 28.2 1408.2 35.1 1420.1 35.2 1420.2 1345.1 1423.1 1345.2 1 / 4 1423.2 1346.1 2 / 3 13293.1 2 / 4 1346.2 13293.2 1350.1 13292.1 1350.2 4 / 7 13292.2
1o ZHTOYMENO Mε βάση τον Πίνακα 1 να υπολογιστούν: Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου D10S2314
‘Aσκηση 2η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 61 φοιτητών για τον μικροδορυφόρο DXS101 DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ
1 2 3* 4 5 6 7 8 9 10 11 121415 16 1718192021222324 252627282930 31 13 12 11 10 9 m m m m m 8 7 6 5 4 3 2 Δείγματα Τετάρτης Τ
1 2 3 4* 5 6 7 8 9 10 11 1213141516 17181920 21 22 2324 25 26 27282930 32 13 12 11 10 9 8 7 6 m m m m 5 m 4 3 2 1 Δείγματα Πέμπτης Π
ΠΙΝΑΚΑΣ 2 : Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον μικροδορυφόρο DXS101 Δείγμα Γονότυπος Τ1 Τ2 Τ3 Τ4 Τ5 Τ6 Τ7 Τ8 Τ9 Τ10 Τ11 Τ12 Τ14 Τ15 Τ16 Τ17 Τ18 Τ19 Τ20 Τ21 Τ22 Δείγμα Γονότυπος T23 T24 T25 T26 T27 T28 T29 T30 T31 Π1 Π2 Π3 Π4 Π5 Π6 Π7 Π8 Π9 Π10 Π11 Π12 Δείγμα Γονότυπος Π13 Π14 Π15 Π16 Π17 Π18 Π19 Π20 Π21 Π22 Π23 Π24 Π25 Π26 Π27 Π28 Π29 Π30 Π32
2o ZHTOYMENO Mε βάση τον Πίνακα 2 να υπολογιστούν: Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου DXS101