Αρχές εργαστηριακού ελέγχου της υγιεινής

Παρουσίαση με θέμα: "Αρχές εργαστηριακού ελέγχου της υγιεινής"— Μεταγράφημα παρουσίασης:

1 Αρχές εργαστηριακού ελέγχου της υγιεινής

2 Άμεση διαγνωστική δοκιμή (αντιγονική εξέταση):
διαγνωστική δοκιμή που αποσκοπεί στην ανάδειξη της παρουσίας του μικροβίου σε ένα κλινικό υλικό ή κάποιου αντιγόνου του Έμμεση διαγνωστική δοκιμή: αποσκοπεί στην ανίχνευση της παρουσίας σε ένα κλινικό υλικό κάποιου προϊόντος που υποδηλώνει την παρουσία του μικροβίου χωρίς όμως να την αποδεικνύει

3 Αντιγονικές διαγνωστικές εξετάσεις
Μικροσκοπική εξέταση Πώς αυξάνουμε τη διακριτική της ικανότητα; Πού βασίζεται η διάγνωση; Πλεονεκτήματα: Απλή, χαμηλό κόστος, θετική προγνωστική αξία, υψηλή θετική προγνωστική αξία ιδίως σε περιπτώσεις in-situ ανίχνευσης Μειονεκτήματα: Διάγνωση (;), ελάχιστο όριο ανίχνευσης, εμπειρία ιδίως σε μικτούς πληθυσμούς, μη-ορατά βακτήρια, ευαισθησία

4 Απομόνωση σε καλλιέργεια
Πώς ταυτοποιούμε το προϊόν; Εκλεκτικά / εμπλουτιστικά θρεπτικά υλικά Πλεονεκτήματα: ανάδειξη βιωσιμότητας, υλικό για περαιτέρω εξετάσεις, αρχειοθέτηση για επιδημιολογικούς σκοπούς, αντιβιόγραμμα, ειδικότητα, θετική προγνωστική αξία Μειονεκτήματα: ελάχιστο όριο ανίχνευσης, πώς ξεχωρίζεις το παθογόνο από έναν μικτό πληθυσμό, απομόνωση βακτηρίων με βραδεία ανάπτυξη από μικτούς πληθυσμούς, ευαισθησία

5 Έμμεση διαγνωστική δοκιμή
Πχ η ανίχνευση αντισωμάτων με ELISA, CFT κτλ Πλεονέκτημα Εφαρμόζονται συνήθως σε ορό αίματος (και για αυτό λέγονται ορολογικές) που μπορεί να ληφθεί εύκολα Δεν χρειάζεται να ξέρω πολλά για την παθογένεια του νοσήματος για να αποφασίσω τι είδους δείγμα θα πάρω Αν υπάρχουν αντισώματα θα τα βρω

6 Μειονεκτήματα (1) Η ύπαρξη αντισωμάτων δεν σημαίνει ότι έχω το νόσημα (χαμηλή θετική προγνωστική αξία) Αυτά μπορεί να υπάρχουν επειδή Εμβολιάστηκα Έχω εκτεθεί σε μικρή αντιγονική πρόκληση που δεν θα προκαλέσει ποτέ νόσημα (ενδημικά νοσήματα) Διασταυρωμένες αντιδράσεις (ψευδώς θετικά)

7 Μειονεκτήματα (2) Η έλλειψη αντισωμάτων δεν σημαίνει οπωσδήποτε ότι δεν έχω το νόσημα π.χ. Άτομα με ανοσοκαταστολή Νεφροπαθείς με πρωτεϊνουρία Κακή διατροφή ή γενετική προδιάθεση Γενικά πάντως η έλλειψη αντισωμάτων στην πράξη τείνει να εκλαμβάνεται ορθώς ως αποτέλεσμα μη έκθεσης στο μικρόβιο

8 Μοριακές εξετάσεις PCR, ReT-PCR, RT-PCR Τι είναι και τι κάνουν…

9 PCR – Polymerase Chain Reaction

10 PCR – Polymerase Chain Reaction
In-vitro ενζυμική σύνθεση και ενίσχυση επιλεγμένων τμημάτων DNA με τη χρήση ολιγονουκλεοτιδίων εκκινητών 10

11

12

13 LOCUS DQ839241 844 bp DNA linear BCT 22-AUG-2006
Brucella melitensis biovar Abortus ABC transporter (mglA) pseudogene, partial sequence LOCUS DQ bp DNA linear BCT 22-AUG-2006 DEFINITION Brucella melitensis biovar Abortus ABC transporter (mglA) pseudogene, partial sequence. ACCESSION DQ839241 VERSION DQ GI: REFERENCE 1 (bases 1 to 844) AUTHORS Jacob,J. and Mielke,M.E.A. TITLE Genetic diversity at mglA locus in Brucella abortus S19 small versus large colony variants JOURNAL Submitted (07-JUL-2006) FG 14, Robert Koch-Institute, Nordufer 20, Berlin, FRG 13353, Germany 1 atgcggcata tcctgctata tgccagagaa agtgagatca tgtcccaaga tcacaaagcc 61 gccgcgacat catcgcagcc ggtgctgcgt cttagcggta tatccaagaa tttcggcgct 121 gtttcggcac tgaccgatat cgatctggaa gtctttcccg gcgaagtcgt cgcccttgtc 181 ggcgataacg gcgcgggaaa gtccaccctt gtcaaaacgc ttgctggtgt gcaccagccc 241 acttccggca ccatcgagtt caatggtgag aaggtcgtac tttcttcgcc cggcgttgcg 301 cttgatcttg gtatcgcgac ggtttttcag gatttgagtc gctctgcgag aacctcgatg 361 tcgtcgccaa tatttttctg ggccgcgaga taagccctta ccgtctcgat gaagtgtcaa 421 tggaaatcaa ggcgtggaag cttctcaatg aattatccgc ccgcattccc agtgtgcgcg 481 agccggtagc ctcgctctcc ggcggccaac gccagacggt cgcgatttcc cgttcgctgc 541 ttctcgatcc gaagctcatc atgctggacg aaccgactgc cgcccttggt gtcgcgcaga 601 ctgcggaagt gctggatctt atcgagcgcg tgcgcgaccg tggccttggc gtcatcatga 661 ttagccataa catggaagat gtgcgtgctg cggcttgggt gcaataacgg cattttctat 721 cctgattcat caaatgagga actggttgcc gccattaccg gggctaccag caattctgtt 781 tcgcgccgtg ccgaaagacg gctggcgcag cacgataatg cgcatggccg gggggaagtc 841 cgat //

14 Specialized BLAST Choose a type of specialized search (or database name in parentheses.) Make specific primers with Primer-BLAST Search trace archives Find conserved domains in your sequence (cds) Find sequences with similar conserved domain architecture (cdart) Search sequences that have gene expression profiles (GEO) Search immunoglobulins (IgBLAST) Search for SNPs (snp) Screen sequence for vector contamination (vecscreen) Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq) Search protein or nucleotide targets in PubChem BioAssay Search SRA transcript libraries

15 ReT-PCR, Real Time PCR

16 Μέθοδος in-vitro ενζυμικής ποσοτικοποιημένης ενίσχυσης επιλεγμένων τμημάτων γενετικού υλικού

17 Πώς γίνεται η ποσοτικοποίηση
Πώς υποδηλώνει μικροβιακή ποσότητα

18 RT-PCR, Reverse Transcription PCR

19 Τεχνική in-vitro ενζυμικής ενίσχυσης επιλεγμένων τμημάτων RNA
Μετατροπή του RNA σε cDNA και ενίσχυση με PCR

20 Έλεγχος της παρουσίας ενός βακτηρίου με τρόπο που υποδηλώνει και το εάν είναι ζωντανό ή όχι
Η μόνη μέθοδος για ανίχνευση RNA ιών

21 Γενικά χαρακτηριστικά μοριακών εξετάσεων ως διαγνωστικών εφαρμογών
Πλεονεκτήματα: Ελάχιστο όριο ανίχνευσης, ειδικότητα, ευαισθησία, θετική προγνωστική αξία Μειονεκτήματα: Αρνητική προγνωστική αξία, πολυπλοκότητα, κόστος, δυσχερής κλινική αξιολόγηση, ειδικό εξοπλισμό, επαγρύπνηση για ψευδείς αντιδράσεις

22 Πώς επιλέγουμε τη διαγνωστική προσέγγιση που θα ακολουθήσουμε

23 Για ποιο σκοπό κάνουμε την εξέταση;
Εξέταση ρουτίνας Β. Αντιμετώπιση κάποιου προβλήματος υγιεινής

24 Εξέταση ρουτίνας Τι χαρακτηριστικά πρέπει να έχουν οι εξετάσεις που θα διαλέξουμε σε αυτή την περίπτωση Υψηλή αρνητική προγνωστική αξία ή υψηλή θετική προγνωστική αξία Υψηλή ευαισθησία ή ειδικότητα Κόστος

25 Β. Αντιμετώπιση κάποιου προβλήματος υγιεινής
Τι θα πρέπει να συνεκτιμήσουμε: Φύση της ασθένειας (αιτιολογία, παθογένεια) Εμβολιασμό Φορείς

26 Τι χαρακτηριστικά πρέπει να έχουν οι εξετάσεις που θα διαλέξουμε για αντιμετώπιση προβλήματος σε επίπεδο εκτροφής; Υψηλή αρνητική προγνωστική αξία ή υψηλή θετική προγνωστική αξία Υψηλή ευαισθησία ή ειδικότητα Κόστος

27 Τι χαρακτηριστικά πρέπει να έχουν οι εξετάσεις που θα διαλέξουμε για αντιμετώπιση προβλήματος σε επίπεδο ζώου; Υψηλή αρνητική προγνωστική αξία ή υψηλή θετική προγνωστική αξία Υψηλή ευαισθησία ή ειδικότητα Κόστος

28 Συνέχεια… IV. Τι επιβάλει η σχετική νομοθεσία; φυματίωση βρουκέλωση V

29 Εφαρμογή συνδυασμού μεθόδων
Ορολογική στο σύνολο των ζώων ή σε κάποια επιλεγμένα (σε ποιά ζώα; Τι γίνεται αν έχουμε εμβολιάσει – χρήση ζεύγους ορών;) και Αντιγονική επιλεκτικά σε κάποια άλλα (σε ποια ζώα; Σε τι υλικό; Πώς αξιολογούμε κλινικά το αποτέλεσμα αναλόγως του είδους της εξέτασης – βιωσιμότητα;)

30 Ερωτήσεις αυτό-αξιολόγησης
Τι ονομάζουμε πλασμίδιο Σε τι διαφέρουν τα βακτήρια από τους ιούς αναφορικά με α) την ικανότητά τους να αναπτύσσονται σε θρεπτικά υλικά , β) τον πολλαπλασιασμό τους, γ) το είδος του γενετικού υλικού που φέρουν, δ) την ικανότητά τους να πρωτεϊνοσυνθέτουν, και ε) την ευαισθησία τους σε αντιβιοτικά Δώστε μερικά παραδείγματα άμεσων και έμμεσων διαγνωστικών δοκιμών Ποια είναι τα βασικά πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα της μικροσκοπικής εξέτασης/της καλλιέργειας/της PCR/της ορολογικής εξέτασης, ως μεθόδου διάγνωσης. Τι ονομάζουμε PCR, τι ανιχνεύει αυτή η μέθοδος, μας δίνει θετικό αποτέλεσμα όταν το βακτήριο ή ο ιός που ανιχνεύεται είναι νεκρά; Πώς επηρεάζει αυτό τον τρόπο συντήρησης του δείγματος που προορίζεται για εξέταση με PCR; Ποια πρόσθετη πληροφορία μας παρέχει η PCR αληθούς χρόνου και ποια η RT-PCR;

31 Τι χαρακτηριστικά θα πρέπει να έχει μία διαγνωστική μέθοδος που θα επιλέξω για να διαπιστώσω ποια ζώα νοσούν σε ένα κοπάδι στο οποίο έχει εκδηλωθεί κάποιο νόσημα; Τι χαρακτηριστικά θα πρέπει να έχει μία διαγνωστική μέθοδος που θα επιλέξω για να κάνω έλεγχο (ρουτίνας) της υγιεινής σε ένα κοπάδι όταν δεν υπάρχει κάποιο συγκεκριμένο πρόβλημα; Τι ονομάζουμε «ζεύγη ορών» και πώς τα χρησιμοποιούμε;

32 Εργασίες Πριμοδότησης Υγιεινή Αγροτικών Ζώων
Εργασίες Πριμοδότησης Υγιεινή Αγροτικών Ζώων

33 Εργασίες του τύπου «κατ’ αντιπαράθεση επιχειρηματολογία» (debate).
Αναλαμβάνεται από 2 φοιτητές που επιχειρηματολογήσουν υπέρ δύο αντίθετων απόψεων επί του ίδιου θέματος, π.χ. συμβατική εκτροφή vs βιολογική εκτροφή. Η παρουσίαση είναι αποκλειστικά προφορική χωρίς σημειώσεις, και μπορεί, εάν είναι απαραίτητο, να περιλαμβάνει και προβολικό υλικό. Δομή: τοποθετείται ο καθένας από τους ομιλητές με σκοπό να πείσει το ακροατήριο, ότι η δική του άποψη ευσταθεί περισσότερο από αυτήν του άλλου. Το θέμα προτείνεται αποκλειστικά από τους φοιτητές αφού μελετήσουν τη σχετική βιβλιογραφία και εγκρίνεται από τον διδάσκοντα. Η ανάθεση γίνεται βάσει προτεραιότητας. Όλες οι εργασίες πρέπει να είναι έτοιμες έως το αργότερο 31 Μαρτίου 2018. Βαθμολογούνται αμφότεροι με πριμοδότηση που κυμαίνεται μεταξύ 0 και 30% επί του τελικού βαθμού της εξέτασης θεωρίας του μαθήματος, αρκεί αυτός να είναι μεγαλύτερος ή ίσος του 4.