Προηγμένη Εφαρμογή Ιστού Διαχείρισης Δεδομένων Βιοεπιστημών Διπλωματική Εργασία του Γεωργίου Πρέκα ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ ΣΧΟΛΗ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΤΟΜΕΑΣ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ Επιβλέπων: Τιμολέων Σελλής Αθήνα, Δεκέμβριος 2009

Υπόβαθρο Βιολογικές επιστήμες Βιολογικά μόρια, όπως DNA, κλπ. Έρευνα για τα μόρια microRNA Κατανόηση του κυττάρου Αντιμετώπιση ασθενειών

Γενικά Δημιουργία εφαρμογής για την: αναζήτηση και παρουσίαση πληροφοριών για τα microRNA Ενσωμάτωση πρόσθετων δυνατοτήτων: Υπηρεσίες καταγραφής ενεργειών Αγαπημένες αναζητήσεις – σελιδοδείκτες

Δεδομένα Ταιριάσματα microRNA σε γονίδια Θέση στο μόριο Βαθμός δεσίματος Προέρχονται από αλγόριθμο πρόβλεψης Αποθηκεύονται σε βάση δεδομένων 4,6 εκατομμύρια εγγραφές

Αρχικά Πριν τη διπλωματική: Η εφαρμογή υπήρχε στην έκδοση 3 Υπήρχε ανάγκη για: Προσθήκη νέων δυνατοτήτων Ευκολότερη συντήρηση Λύση: Συγγραφή εκ νέου υπό το πρότυπο MVC

Συνοπτική παρουσίαση Έκδοση 3 Υπάρχουσα λειτουργικότητα Νέα έκδοση Λειτουργικότητα έκδοσης 3 MVC Unit / system testing Προσωπικοί λογαριασμοί Καταγραφή ενεργειών Ιστορικό αναζητήσεων Αγαπημένες αναζητήσεις Επιμέρους βελτιώσεις Μηχανή προτάσεων Λίστα με αναδιπλούμενες λεπτομέρειες

Συνεισφορά Χρήσιμο εργαλείο για τους βιολόγους – ερευνητές ανά τον κόσμο Επίτευξη: ταχύτητας και ευχρηστίας

Συνεισφορά Ανάπτυξη σύμφωνα με την αρχιτεκτονική Model – View – Controller: Διαχωρισμός business logic από την παρουσίαση Δημιουργία μίας πλατφόρμας ανάπτυξης παρόμοιων εφαρμογών

Συνεισφορά Εξασφάλιση της ορθότητας του συστήματος μέσω σύγχρονων τεχνικών ελέγχου (unit tests) Καινοτόμες υπηρεσίες: Προσωπικοί λογαριασμοί Τήρηση ιστορικού αναζητήσεων Τήρηση αγαπημένων αναζητήσεων (bookmarks)

Ζητήματα υλοποίησης Προτιμήθηκε η μηχανή MyISAM αντί της InnoDB λόγω καλύτερης απόδοσης Βελτιστοποιήθηκαν τα ερωτήματα SQL όπου κρίθηκε απαραίτητο Εγκαταστάθηκαν ευρετήρια για την επιτάχυνση των ερωτημάτων Χρήση full text search για την αναζήτηση σε πεδία κειμένου

Μηχανή προτάσεων – πριν 1196 γραμμές κώδικα

Μηχανή προτάσεων – τώρα Βελτίωση υπάρχουσας μηχανής προτάσεων Όταν μία αναζήτηση δεν ταιριάζει ακριβώς με κάποια εγγραφή, τότε… Γίνεται προσεγγιστική αναζήτηση

Λίστα με αναδιπλούμενες λεπτομέρειες Δημιουργία ενός widget παρουσίασης Υλοποίηση ως ανεξάρτητο component Ήδη έχει χρησιμοποιηθεί και στην εφαρμογή mirGen

Καταγραφή ενεργειών Οι ενέργειες του χρήστη καταγράφονται στη βάση δεδομένων Το ιστορικό αναζητήσεων βασίζεται σε αυτή την υπηρεσία Μελλοντικός στόχος: Η δυνατότητα για παροχή εξατομικευμένων υπηρεσιών

Τήρηση ιστορικού Αποθήκευση των αναζητήσεων του χρήστη Ο χρήστης μπορεί να αποκρύψει τις τελευταίες αναζητήσεις Το ιστορικό παραμένει αναλλοίωτο στη βάση δεδομένων

Αγαπημένες αναζητήσεις Αποθήκευση αγαπημένων αναζητήσεων σε ειδικό προσωπικό χώρο Εισαγωγή σχολίων Γρήγορη προβολή με 1 κλικ Επιλογή των αποτελεσμάτων προς προβολή (επεξεργασία αγαπημένης αναζήτησης)

Ιστορία της ανάπτυξης Καθαρός κώδικας: 7 KLOCs