Τα σημαντικότερα έργα του Που βρίσκονται σήμερα
Η Κοίμηση της Παναγίας (π Η Κοίμηση της Παναγίας (π. 1567, Εκκλησία της Παναγίας των Ψαριανών), που ανακαλύφθηκε το 1983 στη Σύρο έχοντας μεταφερθεί εκεί πιθανότατα από Ψαριανούς εποίκους μετά την καταστροφή των Ψαρών, αποτελεί το πρώτο σωζόμενο έργο του με την υπογραφή του.
Ο ευαγγελιστής Λουκάς ζωγραφίζοντας την Παναγία (1560-67, Μουσείο Μπενάκη)
Γύρω στο 1565 εγκαταστάθηκε στη Βενετία, όπου και μαθήτευσε κοντά στο ζωγράφο Τισιανό, καθώς και στον κύριο εκπρόσωπο του Βενετικού μανιερισμού, τον Τιντορέττο.Στη Βενετία πλέον, ο Δομήνικος θα εγκαταλείψει τον βυζαντινό τρόπο ζωγραφικής και θα υιοθετήσει ανεπιφύλακτα τον Βενετικό τρόπο, ξεφεύγοντας ωστόσο από τα ορθολογικά παραδείγματα της Αναγέννησης.Το πρωτο έργο που ζωγραφίζει είναι τρίπτυχο με γοτθικά στοιχεία και βρίσκεται στο Μεδένο της Ιταλίας.
Τρίπτυχο της Μοντένα (π. 1560-1565) Τρίπτυχο της Μοντένα (π. 1560-1565) Το τρίπτυχο περιείχε στην κύρια όψη τρεις σκηνές, τη Στέψη του χριστιανού ιππότη, την Προσκύνηση των ποιμένων και τη Βάπτιση του Χριστού
Την περίοδο της παραμονής του στη Ρώμη, ο Γκρέκο εξασφάλισε την αναγνώρισή του κυρίως μέσα από το είδος της προσωπογραφίας, στο οποίο ξεχωρίζουν τα πορτρέτα που φιλοτέχνησε για τον Τζούλιο Κλόβιο
Παράλληλα, ο Γκρέκο στράφηκε σε πιο φιλόδοξες συνθέσεις, με χαρακτηριστικό δείγμα την Εκδίωξη των εμπόρων από το ναό (1570-75, Ινστιτούτο Καλών Τεχνών Μινεάπολης)..
Πιθανότατα την ίδια περίοδο χρονολογείται και το έργο El soplón (Αγόρι που ανάβει κερί, π. 1570, Μουσείο Καποντιμόντε), που διακρίνεται για το πρωτότυπο θέμα του, το οποίο υπήρξε μάλλον ασυνήθιστο την εποχή εκείνη
Ο Θεοτοκόπουλος διακρίθηκε τόσο σε θρησκευτικές συνθέσεις όσο και σε προσωπογραφίες Στη διάρκεια της δεκαετίας του 1580 όπου έχει εγκατασταθεί στο Τολέδο, ο Γκρέκο υιοθέτησε συχνά υπερβολικά χαρακτηριστικά στα έργα του, προκειμένου να αποδώσει υπερφυσικά στοιχεία, απομακρυνόμενος από τα αναγεννησιακά πρότυπα
Σπανιότερα είναι τα πορτρέτα που φιλοτέχνησε για προσωπικότητες που κατείχαν δημόσια αξιώματα. Ανάμεσα σε αυτά ξεχωρίζει η Προσωπογραφία του Καρδινάλιου (π. 1600, Μητροπολιτικό Μουσείο Νέας Υόρκης), έργο για το οποίο ο Γκρέκο οδηγήθηκε ενώπιον της Ιεράς Εξέτασης, εξαιτίας της – ασυνήθιστης για την εποχή – επιλογής του να ζωγραφίσει τον ιερωμένο (πιθανότατα πρόκειται για τον Φερνάνδο Νίνιο δε Γκεβάρα) φορώντας γυαλιά.
Διασώζονται μόλις τρεις τοπιογραφίες του Γκρέκο, οι δύο από τις οποίες απεικονίζουν το Τολέδο. Ο πίνακας Άποψη του Τολέδου (1595-99, Μητροπολιτικό Μουσείο Νέας Υόρκης) φανερώνει την χαρακτηριστική τάση του να μην εστιάζει τόσο στην ακρίβεια της τοπιογραφίας όσο στη δραματοποίησή της
Η ταφή του κόμη του Οργκάθ απ'τα πιο γνωστά έργα αυτού του σπουδαίου Έλληνα ζωγραφού βρίσκεται στο Τολέδο της Ισπανίας και κοσμεί την εκκλησία του Τολέδου.Πρόκειται για ένα ''τεράστιο''έργο τεσσάρων μέτρων και ογδόντα εκατοστών στην εκκλησία του Τολέδου. Ταφή του κόμη του Οργάθ (1586-88), Λάδι σε μουσαμά, 480x360 εκ., Τολέδο, Άγιος Θωμάς. O πίνακας περιλαμβάνει δύο διακριτές περιοχές. Στο κάτω μέρος της σύνθεσης απεικονίζεται η κηδεία του κόμη, ενώ στο άνω μέρος, που συμβολίζει τον παράδεισο, η ψυχή του μεταφέρεται από έναν άγγελο,
Απ'τα πιο σπουδαία έργα η αποκάλυψη του Απόστολου Ιωάννη Απ'τα πιο σπουδαία έργα η αποκάλυψη του Απόστολου Ιωάννη.Ο Γκρέκο με τις τεράστιες φιγούρες που ζωγραφίζει σφάλλει αλλά το κάνει επίτηδες! Η Πέμπτη Σφραγίδα της Αποκαλύψεως (1608-14, λάδι σε μουσαμά, 222,3 x 193 εκ., Νέα Υόρκη, Μητροπολιτικό Μουσείο. Ο Γκρέκο δεν πρόλαβε να ολοκληρώσει τον πίνακα, που προοριζόταν για το νοσοκομείο Ταβέρα
Έτος ελ γκρέκο με αφορμή τα 400 χρόνια από τον θάνατο του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου πραγματοποιούνται οι ακόλουθες εκθέσεις: ΜΟΥΣΕΙΟ ΜΠΕΝΑΚΗ -Ο φιλικός κύκλος του Γκρέκο στο Τολέδο 13/11/2014 - 01/03/2015 Το ΒΥΖΑΝΤΙΝΟ ΚΑΙ ΧΡΙΣΤΙΑΝΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ διοργανώνει έκθεση με τίτλο «Ο Δομήνικος Θεοτοκόπουλος πριν από τον El Greco». Η έκθεση θα διαρκέσει από τις 19 Νοεμβρίου του 2014 έως και τον Μάρτιο του 2015.