Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών Ιατρική Σχολή Εργαστήριο Υγιεινής, Επιδημιολογίας και Ιατρικής Στατιστικής Μοριακή επιτήρηση της HIV-1 αντοχής σε μη-θεραπευμένους οροθετικούς στην Ελλάδα: Η πρόσθετη συνεισφορά της μοριακής επιδημιολογίας στη δημόσια υγεία Δ. Παρασκευής¹ , Ε. Κωστάκη¹, Ε. Μαγιορκίνης¹, Π. Γαργαλιάνος², Γ. Ξυλωμένος², Μ. Κ. Λαζανάς³, Μ. Χίνη³, Α. Σκουτέλης⁴, Β. Παπασταμόπουλος⁴, Α. Αντωνιάδου⁵, Α. Παπαδόπουλος⁵, Μ. Ψυχογυιού⁶, Γ. Λ. Δαΐκος⁶, Α. Ζαβιτσάνου¹, Γ. Χρύσος⁷, Β. Παπαρίζος⁸, Σ. Κουρκουντή⁸, Ε. Σαμπατάκου⁹, Ν. Β. Σύψας¹⁰, Μ. Λαδά¹¹, Π. Παναγόπουλος¹², Ε. Μαλτέζος¹², Σ. Δριμής⁷, Α. Χατζάκης¹ ¹ Εργαστήριο Υγιεινής, Επιδημιολογίας και Ιατρικής Στατιστικής, Ιατρική Σχολή, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, Αθήνα, ² Α’ Παθολογικό Τμήμα και Μονάδα Λοιμώξεων, Γ.Ν.Α. «Γ. Γεννηματάς», Αθήνα, ³ Γ’ Παθολογικό Τμήμα & Μονάδα Λοιμώξεων, Γ.Ν.Α. «Κοργιαλένειο-Μπενάκειο Ε.Ε.Σ.», Αθήνα, ⁴ Ε’ Παθολογική Κλινική & Μονάδα Λοιμώξεων, Γ.Ν.Α. «Ο Ευαγγελισμός», Αθήνα, ⁵ Π.Γ.Ν.Α. «Αττικόν», Αθήνα, Γ.Ν.Α. «Λαϊκό» (Α’ Παθολογική Κλινική⁶ και Κλινική Παθολογικής Φυσιολογίας¹⁰), Αθήνα, ⁷ Β’ Παθολογική Κλινική και Μονάδας Λοιμώξεων, Γ.Ν. Πειραιά «Τζάνειο», Πειραιάς, ⁸ Νοσοκομείο Αφροδισίων και Δερματικών Νόσων «Α. Συγγρός», Αθήνα, ⁹ Β’ Πανεπιστημιακή Παθολογική Κλινική, Γ.Ν.Α. «Ιπποκράτειο», Αθήνα, ¹¹ Β΄ Παθολογική Κλινική & Μονάδα Λοιμώξεων, «Σισμανόγλειο» Νοσοκομείο, Αθήνα, ¹² Β’ Παθολογική Κλινική και Μονάδα Λοιμώξεων, Π. Γ. Ν. Αλεξανδρούπολης, Αλεξανδρούπολη Αθήνα, 2016 e-mail: dparask@med.uoa.gr, ekostakh@med.uoa.gr

Ορισμός Ως αντοχή στην αντιρετροϊκή θεραπεία ορίζεται η μείωση στην ανασταλτική επίδραση της θεραπείας στον ιικό πολλαπλασιασμό Η αντοχή μπορεί και να προϋπάρχει της θεραπείας (πρωτογενής αντοχή) Η αντοχή μπορεί να είναι συνέπεια της μη-ιολογικής ανταπόκρισης στη θεραπεία

Σκοπός H διερεύνηση του τρόπου διασποράς των HIV-1 ανθεκτικών στελεχών Η εκτίμηση κύριων επιδημιολογικών παραμέτρων: ενεργός αριθμός αναπαραγωγής (Re) δυναμική της μετάδοσης των ανθεκτικών στελεχών που εντοπίζονται σε τοπικά δίκτυα

Υλικό Συγκεντρώθηκαν 3.428 αλληλουχίες νεοδιαγνωσθέντων οροθετικών με δειγματοληψία μεταξύ 01/01/2003 – 31/06/2015 στη Νότια Ελλάδα: διαθέσιμες στο γονίδιο pol (PR/RT) αντιστοιχούν στο 40% του συνόλου των HIV-οροθετικών στην Ελλάδα

Σχεδιασμός μελέτης Εκτίμηση πρωτογενούς αντοχής σε 3.428 αλληλουχίες Υποτύπηση του συνόλου των αλληλουχιών (Ν=3.428) Εύρεση τοπικών δικτύων μετάδοσης του ιού μεταξύ των αλληλουχιών υπότυπου Α και Β με τις πιο συχνές μεταλλαγές αντοχής σε NNRTIs (E138A, K103N) Εκτίμηση επιδημιολογικών παραμέτρων για τις μεγαλύτερες επιμέρους επιδημίες (κύρια τοπικά δίκτυα μετάδοσης υπότυπου Α)

Μέθοδοι H εκτίμηση της αντοχής έγινε μέσω της βάσης δεδομένων του Stanford (HIVdb). Ως ανθεκτικά στελέχη χαρακτηρίστηκαν εκείνα με μειωμένη ευαισθησία στα φάρμακα Η υποτύπηση των αλληλουχιών πραγματοποιήθηκε με το αυτόματο πρόγραμμα COMET και επιβεβαιώθηκε με φυλογενετική ανάλυση (Ν=216 αλληλουχίες αναφοράς) Τα τοπικά δίκτυα μετάδοσης προσδιορίστηκαν μέσω φυλογενετικής ανάλυσης των αλληλουχιών υπότυπου Α (Ν=235) και Β (Ν=86) με αναπτυγμένη αντοχή σε NNRTIs (K103N, E138A), αλληλουχιών αναφοράς από την Ελληνική βάση δεδομένων του HIV-1 (Α: N=904; B: N=1.615) και αλληλουχιών αναφοράς με παγκόσμια δειγματοληψία (A: Ν=5.907; B: N=3.984), με τη μέθοδο μέγιστης πιθανοφάνειας στο πρόγραμμα RAxML 8 Η φυλοδυναμική ανάλυση των τοπικών δικτύων μετάδοσης του υπότυπου Α βασίστηκε στα πρόσφατα αναπτυχθέντα μοντέλα γέννησης-θανάτου (BDM) και πραγματοποιήθηκε στο πρόγραμμα BEAST2

Αποτελέσματα

Αποτελέσματα Ο επιπολασμός πρωτογενούς αντοχής τουλάχιστον σε μία κατηγορία φαρμάκων εκτιμήθηκε σε 22,2% (762/3.428) Τα ποσοστά ανά κατηγορία ήταν: NNRTIs: 16,9% (578/3.428) PIs: 4,9% (167/3.428) NRTIs: 2,8% (95/3.428)

Κατανομή μεταλλαγών αντοχής Μεταλλαγές αντοχής Συνολικός πληθυσμός (Ν=3.428) Αριθμός αλληλουχιών Ποσοστό (%) NNRTIs E138K 12 1.5 E138A 259 7.6 E138Q 137 4.0 Subtotal 429 12.5 K103N 77 2.3 V179D 62 1.8 NRTIs T215rev 21 0.6 M41L 26 0.8 A26V 22 PIs V82A 10 0.3 L90M 8 0.2

Κατανομή ομάδων κινδύνου και διαστημάτων δειγματοληψίας Υπότυπος Α P-value B NNRTI-μεταλλαγή αντοχής Ε138Α Κ103Ν E138A K103N Διάστημα δειγματοληψίας (Ν, %) <0.001 0.626 2003-2009 45 (25.1) 2 (3.6) 23 (33.8) 5 (27.8) 2010-2015 134 (74.9) 54 (96.4) 45 (66.2) 13 (72.2) Ομάδα κινδύνου (Ν, %) 0.240 0.492 ΑΣΑ 124 (69.3) 38 (67.8) 43 (63.2) 11 (61.1) Ετεροφυλόφιλοι 18 (10.1) 3 (5.4) 11 (16.2) 1 (5.6) ΧΕΝ 9 (5.0) 1 (1.8) 4 (5.9) 2 (11.1) Άλλη/Άγνωστη 28 (15.6) 14 (25.0) 10 (14.7) 4 (22.2) Σύνολο 179 (100) 56 (100) 68 (100) 18 (100) ΑΣΑ: Άνδρες που κάνουν Σεξ με Άνδρες ΧΕΝ: Χρήστες Ενδοφλέβιων Ναρκωτικών

Υπότυπος Α Ν=209, 89%

Υπότυπος Β Ν=28, 33%

Χαρακτηριστικά κύριων δικτύων μετάδοσης υπότυπου Α Υπότυπος Α Δίκτυο μετάδοσης tMRCA (διάμεση τιμή, 95% HPD) Re (μέγιστη τιμή διάμεσης εκτίμησης) K103N 2007 (2004-2009) 2.8 E138A (1) 1995 (1991-1999) 2.1 E138A (2) 1996 (1989-2000) 1.8 E138A (3) 1997 (1991-2001) 2.0 E138A (4) 2004 (2000-2007) 2.5 tMRCA: time to Most Recent Common Ancestor HPD: Higher Posterior Density Re: Effective Reproductive Number

Φυλοδυναμική ανάλυση δικτύων μετάδοσης υπότυπου Α Φυλοδυναμική ανάλυση δικτύων μετάδοσης υπότυπου Α

Φυλοδυναμική ανάλυση δικτύων μετάδοσης υπότυπου Α

Φυλοδυναμική ανάλυση δικτύων μετάδοσης υπότυπου Α

Συμπεράσματα Τα στελέχη με τις πιο συχνές μεταλλαγές αντοχής σε NNRTIs μεταδίδονται στην Ελλάδα μέσω τοπικών δικτύων Τα τελευταία χρόνια η αντοχή έχει διαδοθεί ενεργά και με αυξανόμενη συχνότητα Οι οροθετικοί που ανήκουν σε δίκτυα μεταδιδόμενης αντοχής (TDR) αποτελούν τον πληθυσμό με την υψηλότερη προτεραιότητα για πρόληψη (TasP) Τα ευρήματα της μελέτης μας επισημαίνουν την πρόσθετη συνεισφορά των νεότερων μεθόδων της μοριακής επιδημιολογίας, με τις οποίες μπορούμε να εκτιμήσουμε κρίσιμες επιδημιολογικές παραμέτρους που υποδεικνύουν τον πληθυσμό σε προτεραιότητα για πρόληψη της μεταδιδόμενης αντοχής

e-mail: dparask@med.uoa.gr, ekostakh@med.uoa.gr Ευχαριστίες Χρηματοδότηση: Gilead Sciences e-mail: dparask@med.uoa.gr, ekostakh@med.uoa.gr