Στο μάθημα αναφερθήκαμε στην ανάγκη για διασταύρωση των ευρημάτων από ομάδες ατόμων με lesions με ευρήματα από fMRI studies. Όμως δεν συζητήσαμε γιατί οι δύο μέθοδοι «αλληλοσυμπληρώνονται». Αυτό είναι εμφανές αν δούμε τα θετικά και τα αρνητικά κάθε μεθόδου. Το βασικό μειονέκτημα των μεθόδων fMRI είναι ότι δεν μπορεί να διακρίνει περιοχές που συμβάλλουν σε μια γνωσιακή λειτουργία από περιοχές που είναι απαραίτητες γι’ αυτήν, ενώ οι lesion studies μπορούν να αποφανθούν με μεγαλύτερη ασφάλεια για την αιτιακή σχέση ανάμεσα σε μια περιοχή και μια λειτουργία. Για παράδειγμα μία περιοχή μπορεί να φανεί ενεργή στη διάρκεια ενός έργου, επειδή συνδέεται με μία περιοχή που είναι απαραίτητη για το έργο. Από την άλλη οι lesion studies αντιμετωπίζουν προβλήματα με την πλαστικότητα και την αποσύνδεση, που δεν αποτελούν πρόβλημα για τις έρευνες με fMRI καθώς αυτές εστιάζουν σε υγιείς πληθυσμούς. Πλαστικότητα: μετά από βλάβη ο εγκέφαλος αναδιοργανώνεται. Αυτό αναιρεί την υπόθεση των lesion studies ότι ο εγκέφαλος πριν και μετά τη βλάβη λειτουργεί το ίδιο, με εξαίρεση την περιοχή που καταστράφηκε και την λειτουργία που υποστηρίζει. Αποσύνδεση: αν η σύγκριση των ασθενών γίνει αμέσως μετά την βλάβη, μπορεί να μην έχουν ολοκληρωθεί οι διεργασίες πλαστικότητας και να μην ανιχνευτούν περιοχές οι οποίες θα αποκτήσουν δομικές αλλαγές στην πορεία, π.χ. περιοχές που αποτελούν ανώτερο στάδιο επεξεργασίας και παίρνουν εισροές από την τραυματισμένη περιοχή.
Επίσης στις lesion studies με ασθενείς, είναι δυσκολότερη η αντιστοίχιση εγκεφαλικών περιοχών και λειτουργικών γιατί η βλάβη συχνά δεν περιορίζεται σε περιοχές που σχετίζονται με μία λειτουργία. Αυτό δεν αποτελεί πρόβλημα για τις έρευνες fMRI γιατί η ανεξάρτητη μεταβλητή δεν είναι οι εγκεφαλικές περιοχές αλλά η επίδοση στο έργο. Ωστόσο τα lesion studies με ζώα υπερβαίνουν αυτό το πρόβλημα γιατί καθορίζεται από τον ερευνητή η έκταση της βλάβης. Rorden, C., & Karnath, H.-O. (2004). Using human brain lesions to infer function: a relic from a past era in the fMRI age? Nature Reviews Neuroscience, 5(10), 812–819. nature