ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑΚΟ ΜΑΘΗΜΑ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΚΑΙ ΑΝΟΣΟΛΟΓΙΑΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΔΡΟΣΟΦΙΛΑΣ 21/01/2014

ΟΜΑΔΑ Α ♀ ♀ [κίτρινο σώμα , λευκά μάτια, κεκαμμένες σμήριγγες] Χ [άγριος τύπος] ♂ ♂ ♀ 276 [άγριος τύπος] 1 [κίτρινο σώμα , κόκκινα μάτια, ίσιες σμήριγγες] ♂ 97 [κίτρινο σώμα , λευκά μάτια, κεκαμμένες σμήριγγες] F1 Οι γενετικοί τόποι φυλοσύνδετοι. Άρα οι τόποι συνδεδεμένοι. Τα αλληλόμορφα για το κίτρινο σώμα και τα λευκά μάτια υπολειπόμενα. Αναλογία φύλων y w f / y w f X + / Y y w f / + X y w f / Y Θηλυκά : Αρσενικά = 276 / 97 = 2,845 Είναι 1:1 ; χ2 = 85,9 df = 1 critical = 3.814 Τα θηλυκά εκκολάπτονται νωρίτερα από τ’ αρσενικά. Το θηλυκό με το κίτρινο σώμα, κόκκινα μάτια, ίσιες σμήριγγες είναι λάθος ταυτοποίηση. Πιθανά είχε μόλις εκκολαφθεί και το ανοιχτόχρωμο χρώμα σώματος θεωρήθηκε κίτρινο.

Μάτια Σώμα Σμήριγγες + 220 w y f 121 104 100 007 005 002 001 Σύνολο ♀♀ [αγρίου τύπου] Χ [κίτρινο σώμα, λευκά μάτια, κεκαμμένες σμηριγγες]♂ ♂ y w f / + X y w f / Y F1 Μάτια Σώμα Σμήριγγες + 220 w y f 121 104 100 007 005 002 001 Σύνολο 560 NCO SCO DCO ♀ / ♂ 263/297 = 0,885 x2 = 2,064 df = 1 cr = 3.814 NCO 1 : 1 ? x2 = 28,741 df = 1 critical = 3.814 SCO-1 1 : 1 ? προφανές SCO-2 1 : 1 ? προφανές DCO 1 : 1 ? προφανές

RF(w,f) = 47,45 cM RF(y,w) = 2,68 cM RF(y,f) = 51,19 cM Μάτια Σώμα ♀♀ [αγρίου τύπου] Χ [κίτρινο σώμα, λευκά μάτια, κεκαμμένες σμηριγγες]♂ ♂ y w f / + X y w f / Y F1 Μάτια Σώμα Σμήριγγες + 220 w y f 121 104 100 007 005 002 001 Σύνολο 560 NCO SCO(w,f) SCO(y,w) DCO y w f / + RF(w,f) = 47,45 cM RF(y,w) = 2,68 cM RF(y,f) = 51,19 cM RF(w,f) = 207/560 = 0,3696 RF(y,w) = 15/560 = 0,0267 RF(y,f) = 216/560 = 0,3857 χωρίς διόρθωση RF(y,f) = 222/560 = 0,3964 με διόρθωση σσ = 3/(560*0,0267*0,3696) = 0,541

y , w w , f y , f + + 324 NR y w 221 y + 006 R + w 009 Σύνολο 560 Φαινοτ. ## + + 324 NR y w 221 y + 006 R + w 009 Σύνολο 560 RF(y,w) = 15/560 =0,0267 Φαινοτ. ## + + 225 NR w f 128 w + 102 R + f 105 Ηο (ασύνδετα: 1:1:1:1) χ2 = 71,7 df = 3 critical 7,184 Σύνολο 560 RF(w,f) = 207/560 =0,3696 y , f Φαινοτ. ## + + 222 NR y f 122 y + 105 R + f 111 Η0 όπως πριν χ2 = 65,1 df = 3 Σύνολο 560 RF(y,f) = 216/560 = 0,3857 y w f

w – f 47,45 55,2 y – w 2,68 1,5 y - f 51,19 56,7 Αποστάσεις (cmu) Υπολογισθείσες Πραγματικές (FlyBase) w – f 47,45 55,2 y – w 2,68 1,5 y - f 51,19 56,7

Μάτια ♀ ♂ Σύνολο χ2 + 152 178 330 2,048 w 111 119 230 0,278 263 297 560 2,064 6,932 11,721 17,857 Σώμα ♀ ♂ Σύνολο χ2 + 155 178 333 1,588 y 108 119 217 0,533 263 297 560 2,064 8,399 11,721 24,934 Σμήριγγες ♀ ♂ Σύνολο χ2 + 156 171 327 0,688 f 107 126 233 1,549 263 297 560 2,064 9,129 6,818 15,779

bw wt cn

♀ ♀ [κυρτά φτερά, άσπρα μάτια] Χ [άγριος τύπος] ♂ ♂ 255 άγριος τύπος ♂ 139 F1 Οι γενετικοί τόποι είναι αυτοσωμικοί. Τα αλληλόμορφα που δίνουν άλλο φαινότυπο από εκείνον του άγριου τύπου είναι όλα υπολειπόμενα. Αναλογία φύλων Θηλυκά : Αρσενικά = 255 / 139 = 1,834 Τα θηλυκά εκκολάπτονται νωρίτερα από τ’ αρσενικά. Δεν είναι επαρκής αιτιολόγηση τόσο μεγάλης διαφοράς Είναι 1:1 ; χ2 = 34,152 df = 1 critical = 3,814 Υγρασία στην τροφή, προβλήματα με τους αιθερηστήρες.

♀ ♀ [άγριος τύπος] Χ [κυρτά φτερά, άσπρα μάτια] ♂ ♂ Μάτια Φτερά Σύνολο Καφέ κυρτά 11 + 17 Πορτοκαλί 14 Άσπρα 03 42 Κόκκινα (+) 48 155 Μάτια Σύνολο Καφέ 132 Πορτοκαλί 118 Άσπρα 142 Κόκκινα (+) 154 546

Το σχήμα φτερών ελέγχεται από ένα γενετικό τόπο. Φτερά Απόγονοι κυρτά 73 + 82 Σύνολο 155 Η0: 1 τόπος (1:1) χ2 = 0,523 df = 1 critical = 3,841 Μάτια Απόγονοι καφέ 160 πορτοκαλί 149 άσπρα 187 + 205 Σύνολο 701 Το σχήμα φτερών ελέγχεται από ένα γενετικό τόπο. Άσπρα : + : καφέ : πορτοκαλί είναι 1:1:1:1 ? χ2 = 11,097 Άσπρα : + είναι 1:1 ? χ2 = 0,8265 καφέ : πορτοκαλί είναι 1:1 ? χ2 = 0,391 Το χρώμα ματιών τουλάχιστον από 2 διαφορετικούς γενετικούς τόπους.

Drosopterin pathway GTP brown 2άμινο4υδροξυπτεριδίνη ξανθοπτερίνη ισοξανθοπτερίνη τετραυδροϊοπτερίνη βιοπτερίνη δροσοπτερίνη σεπιαπτερίνη ισοσεπιαπτερίνη

Ommochrome pathway Τρυπτοφάνη N-Φόρμυλ-κυνουρενίνη vermillion Κυνουρενίνη 3-Υδροξυ-κυνουρενίνη Ξανθοματίνη vermillion cinnabar

Interacting mutations affect eye color in Drosophila Figure 1-9 part 1

Interacting mutations affect eye color in Drosophila Figure 1-9 part 2

Interacting mutations affect eye color in Drosophila Figure 1-9 part 3

Interacting mutations affect eye color in Drosophila Figure 1-9 part 4

Interacting mutations affect eye color in Drosophila Figure 1-9 part 5

Φτερά Απόγονοι κυρτά 73 + 82 Σύνολο 155 Μάτια Απόγονοι καφέ 160 πορτοκαλί 149 άσπρα 187 + 205 Σύνολο 701 Σχήμα φτερών ελέγχονται από ένα γενετικό τόπο. Χρώμα ματιών τουλάχιστον από 2 διαφορετικούς γενετικούς τόπους. Αν το χρώμα των ματιών ελέγχεται από 2 τόπους RF(cn,bw) = (160 + 149) / 701 = 309 / 701 ~ 0,4408 44,08 cM c cn bw / c cn bw X + / + c cn bw / + X c cn bw / c cn bw cn bw ---------------- + +

Φτερά Μάτια Απόγονοι + 048 Κυρτά άσπρα 042 καφέ 017 πορτοκαλί 014 011 003 Σύνολο 155 Φτερά Μάτια Απόγονοι + 048 c cn bw 042 017 014 011 003 Σύνολο 155 NCO SCO DCO

Φτερά Μάτια Απόγονοι + 048 c cn bw 042 017 014 011 003 Σύνολο 155 NCO SCO-1 SCΟ-1 SCO-2 DCO NCO 1 : 1 ? προφανές SCO-1 1 : 1 ? προφανές SCO-2 1 : 1 ? προφανές DCO 1 : 1 ? προφανές

cn c bw c cn bw / + X c cn bw / c cn bw Φτερά Μάτια Απόγονοι + 048 c 042 017 014 011 003 Σύνολο 155 NCO SCO(c,bw) SCO(cn,c) DCO Η σειρά των τόπων είναι cn c bw RF(c,cn) = 31 / 155 = 0,2 ~ 20,00 cM RF(c,bw) = 40 / 155 = 0,258 ~ 25,8 cM RF(cn,bw) = 59 / 155 = 0,3806 ~ 38,06 cM χωρίς διορθώσεις για DCO RF(cn,bw) = 71 / 155 = 0,4580 ~ 45,80 cM με διορθώσεις για DCO σσ = 6 / (155 * 0.2 * 0.258) = 0,75

Υπολογισθείσες αποστάσεις (cM) Mapping function (Kosambi)(cM) Τόποι Υπολογισθείσες αποστάσεις (cM) Mapping function (Kosambi)(cM) Αποστάσεις από βιβλιογραφία (cM) cn - bw 38,06 (από 3 σημεία) 49,96 57 44,08 (από όλα τα δεδομένα) 69,15 c - cn 20 21,18 18 c - bw 25,8 28,55 29 cn c bw Θυμηθείτε πως τα δεδομένα του πίνακα «ΜΟΝΟ ΜΑΤΙΑ» είναι προβληματικά. Λόγω της υγρασίας της τροφής αρκετές μύγες δεν καταμετρήθηκαν.

** πατρικής προέλευσης Φτερά Απόγονοι κυρτά 73 + 82 Σύνολο 155 Μάτια Απόγονοι καφέ + bw / cn bw** 160 πορτοκαλί cn + / cn bw** 149 άσπρα cn bw / cn bw** 187 + + + / cn bw** 205 Σύνολο ** πατρικής προέλευσης 701 Είναι 1:1 ; χ2 = 0,522 df = 1 critical = 3.814 cn # Πορτοκαλί ή λευκά 336 Καφέ ή + 365 Σύνολο 701 bw # Καφέ ή λευκά 347 Πορτοκαλί ή + 354 Σύνολο 701 Είναι 1:1 ; χ2 = 0,07 df = 1 critical = 3.814 Είναι 1:1 ; χ2 = 1,199 df = 1 critical = 3.814

Για να κοιτάξω τους τόπους ανά ζεύγη: c cn bw / + X c cn bw / c cn bw Για να κοιτάξω τους τόπους ανά ζεύγη: Αν αγνοήσω το bw τότε πρέπει να συνυπολογίσω τα cn [πορτοκαλί] και cn bw [λευκά] Αν αγνοήσω το cn τότε πρέπει να συνυπολογίσω τα bw [καφέ] και cn bw [λευκά] Φτερά Μάτια Απόγονοι + 048 c cn bw 042 017 014 011 003 Σύνολο 155 Τόποι c cn (αγνοώ το bw) Φτερά Μάτια Κυρτά Πορτοκαλί ή λευκά 59 NR Καφέ ή + 14 R + 17 R 65 NR RF(c,cn) = 31 / 155 = 0,2 20,00 cM

Μάτια Απόγονοι καφέ πορτοκαλί άσπρα + Σύνολο 701 Τόποι c bw (αγνοώ το cn) RF(c,bw) = 40 / 155 = 0,258 25,80 cM Φτερά Μάτια Κυρτά Καφέ ή λευκά 53 NR Πορτοκαλί ή + 20 R + 62 NR Φτερά Μάτια Απόγονοι + 048 c cn bw 042 017 014 011 003 Σύνολο 155 Τόποι cn bw Μάτια Απόγονοι καφέ 160 R πορτοκαλί 149 R άσπρα 187 NR + 205 NR Σύνολο 701 RF(cn,bw) = (160 + 149) / 701 = 309 / 701 44,08 cM

Back-cross ετερόζυγα ♀♀ x [κυρτά φτερά, άσπρα μάτια ♂♂] Φαινότυποι Αριθμός απογόνων♀♀ Αριθμός απογόνων♂♂ Βαθυκόκκινα μάτια - ίσια φτερά (α.τ.) 36 12 Καφέ μάτια - ίσια φτερά 10 7 Πορτοκαλί μάτια - ίσια φτερά 6 8 Άσπρα μάτια - ίσια φτερά 2 1   Βαθυκόκκινα μάτια - κυρτά φτερά 3 Καφέ μάτια - κυρτά φτερά 5 Πορτοκαλί μάτια - κυρτά φτερά Άσπρα μάτια - κυρτά φτερά 16 26 Σύνολο f2 ατόμων: 155 Σύνολο θηλυκών ατόμων: 90 Σύνολο αρσενικών ατόμων: 65 Φαινότυποι Αριθμός απογόνων♀♀ Αριθμός απογόνων♂♂ Βαθυκόκκινα μάτια 76 78 Καφέ μάτια 61 71 Πορτοκαλί μάτια 73 45 Άσπρα μάτια 67 75   Σύνολο θηλυκών ατόμων: 277 Σύνολο αρσενικών ατόμων: 269 Σύνολο ατόμων f2: 546