Εργαστηριακό Κέντρο Φυσικών Επιστημών Αγίων Αναργύρων 28/02/2007

Παρουσίαση με θέμα: "Εργαστηριακό Κέντρο Φυσικών Επιστημών Αγίων Αναργύρων 28/02/2007"— Μεταγράφημα παρουσίασης:

1 Εργαστηριακό Κέντρο Φυσικών Επιστημών Αγίων Αναργύρων 28/02/2007
Εργαστηριακό Κέντρο Φυσικών Επιστημών Αγίων Αναργύρων /02/2007 Υπεύθυνος Εργ. Κέντρου : Καλλίνικος Χαρακόπουλος Επιμέλεια – Παρουσίαση : Λαμπρινή Σιαφάκα Το υλικό αυτό είναι από το σεμινάριο: «Τεχνολογίες αιχμής και η συμβολή τους στο μέλλον των Βιοεπιστημών» Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ Πρόγραμμα «ΑΝΟΙΧΤΕΣ ΘΥΡΕΣ» Δεκεμβρίου 2006

2 Τί είναι οι μικροσυστοιχίες ?
“Οι μικροσυστοιχίες είναι γυάλινα πλακίδια με συστοιχίες εκατοντάδων χιλιάδων ολιγονουκλεοτιδίων/ τμημάτων DNA, που αντιπροσωπεύουν γνωστά ή άγνωστα γονίδια, και στις οποίες μπορεί να υβριδοποιηθεί το DNA ή RNA προς μελέτη, αφού έχει πρώτα σημανθεί με φθορίζουσες χρωστικές”

3 Δύο κύριες κατηγορίες μικροσυστοιχιών
Μικροσυστοιχίες DNA Μικροσυστοιχίες γονιδιακής έκφρασης Array CGH Mutation screening SNP analysis • γονιδίωμα ειδών • γονιδίωμα ιστών • γονιδίωμα ασθενειών κ.α.

4 Πώς φτιάχνονται/ χρησιμοποιούνται…
1. Ιχνηθέτης 2. Γυάλινη επιφάνεια 3. Τεχνικές εναπόθεσης 4. Προετοιμασία δειγμάτων 5. Υβριδοποίηση (Hybridization) 6. Detection 7. Σκανάρισμα (Scanning) 8. Ανάλυση Συνήθως εμπορικά διαθέσιμα Συνήθως πραγματοποιούνται σ’ ερευνητικά εργαστήρια

5 Οι ιχνηθέτες… • Καλύπτουν ~ 1cm2 στη γυάλινη επιφάνεια
• Εναποτίθενται ~ 100,000s ιχνηθέτες • Τα ολιγονουκλεοτίδια εναποτίθενται ή συνθέτονται επάνω στη γυάλινη επιφάνεια • Για κάθε γονίδιο χρησιμοποιούνται 1-20 ιχνηθέτες • Κάθε ιχνηθέτης είναι συμπληρωματικός για ένα μόνο μέρος του γονιδίου • Αυστηρά κριτήρια επιλογής ιχνηθετών 3’ 5’ Εξώνια Εσώνια Περιοχές συμπληρωματικές ιχνηθετών

6 Η τοποθέτηση… 4 κύριες μέθοδοι: • Μικροενέσεις • Πιεσοηλεκτρικώς
• Φωτολιθογραφία • Ηλεκτρικά πεδία

7 Προετοιμασία δείγματος (π.χ. για μικροσυστοιχίες γον. έκφρασης)
Αλληλουχίες ελέγχου Φθορίζουσα χρωστική RNA cDNA cRNA Κοκτέϊλ υβριδισμού

8 Υβριδοποίηση Κοκτέϊλ υβριδισμού Γυάλινη πλάκα με συστοιχίες ιχνηθετών
Οι συμπληρωματικές αλληλουχίες υβριδοποιούνται

9

10

11

12 Detection / Scanning Μετατρέποντας το χρώμα σε αριθμούς Βιοπληροφορική
Σταθμός πλυσίματος Scanner Μετατρέποντας το χρώμα σε αριθμούς Βιοπληροφορική

13 Εφαρμογές Μικροσυστοιχιών DNA
• SNP ανάλυση • Εντοπισμός μεταλλάξεων – Σημειακών μεταλλάξεων – Αλλαγές αριθμού αντιγράφων (gene copy number changes) • Μελέτες εξέλιξης (evolution studies)

14 ΄Αλλα παραδείγματα … • για εντοπισμό μεταλλάξεων του καρκίνου του μαστού • για έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα • πολλές μορφές καρκίνου υπό μελέτη • για προγεννετικό έλεγχο μεταλλάξεων του γονιδίου της κυστικής ίνωσης • για προσδιορισμό προδιάθεσης σε ψυχιατρικές ασθένειες