Προσδιορισμός γονοτύπων ατόμων σε περιοχές ‘γενετικών δεικτών’ ΓΕΝΕΤΙΚΟΙ ΧΑΡΤΕΣ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΩΝ ΧΑΡΤΟΓΡΑΦΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΝ ΑΣΘΕΝΕΙΩΝ ΣΥΓΚΡΙΣΗ / ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ ΑΤΟΜΩΝ / ΠΛHΘYΣΜΩΝ

Xαρακτηριστικά γενετικού δείκτη Μοναδιαία θέση Μενδελική κληρονόμηση Πολυμορφισμός A1 A2

Mοναδιαία αλληλουχία Εκκινητές PCR Eπανάληψη 1-5bp Μικροδορυφόροι (GT)n (GAC)n (GATA)n …… 1/ 20 Kb στο ανθρώπινο γονιδίωμα

Παράδειγμα : μικροδορυφόρος Α ……………………………………ACAACCCTAC CTGGCACTGC ATTGTGGGCC GAAACTTCGG GAGTTATGTG ACACATGAAC CCAAACACTT CATCTACTTC TACCTGGGTC GGGTGGCCAG TCTTCTGTTC AAATCTGGTT AAGAGCATGG ACTGTGCCAA ACACCCAGTG ACCCATCCAA AAACAAGGAC TGCATCCAAA GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT TYCCAAATAC CAGAGACTGA ATCTTCAGCC TTGCTAAGGG AACACCTCGT TTGAATCTGT TGTGTTGTGT ACAGGGCTTC ATTCTCTGTA CAAGTCTGTG GTTATAAAAT TAGTAAAACC GCTTACATTT GTATTTATTT TCTAGTCCAT ACTTCTGTAC CCTGAGCGGC CGCTGGATCC…………………. Εκκινητής 2 Εκκινητής 1 10 PCR

6% πολυακρυλαμίδη 0.5x TBE, 7 M Urea Marker (bp) PCR DNAs (1, 2, 3, 4) PCR εκκινητές (σήμανση του εκκινητή 1 με 32 P) Ηλεκτροφόρηση Αυτοραδιογραφία Πειραματική διαδικασία

/ 6 1 / 2 2 / 3 6 / 6 3 / 4 1 / 5 2 / 2 2 / 4 ΑΝΑΛΥΣΗ ΓΟΝΟΤΥΠΩΝ

Συχνότητα αλληλομόρφου Ποσοστό ετεροζυγωτίας γενετικού δείκτη Αριθμός εμφανίσεων του αλληλομόρφου Αριθμός χρωμοσωμάτων που εξετάζονται Αριθμός ετερόζυγων ατόμων Σύνολο ατόμων Χ 100 %

/ 6 1 / 2 2 / 3 6 / 6 3 / 4 1 / 5 2 / 2 2 / 4 AλληλόμορφαΜεγέθη (bp)Συχνότητες / / / / / / 16 Ποσοστό ετεροζυγωτίας: Ετερόζυγα άτομα / σύνολο ατόμων = 6 / 8 = 75% (άτομα μη συγγενικά !!) Α Β Γ Δ Ε ΣΤ Ζ Η

Γενετικός δείκτης 1 Αλληλόμορφα : 8 % ετεροζυγωτίας : 20% Γενετικός δείκτης 2 Αλληλόμορφα : 8 % ετεροζυγωτίας : 85% Συχνότητες αλληλομόρφων ‘Αξιολόγηση’ γενετικών δεικτών

Οικογένεια CEPH # 104 DNA D10S2314

Άσκηση 1η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA από 40 μη συγγενικά άτομα των οικογενειών CEPH, για τον μικροδορυφόρο D10S2314 ( * ) (*) D10S2314: επανάληψη του τετρανουκλεοτιδίου (GATA) στο χρωμόσωμα 10

ΑτομοΓονότυπος Άτομο Γονότυπ ος 2.12 / / / / / / / / / / / / / / / / / 3 ΠΙΝΑΚΑΣ 1 : Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον D10S2314

1 o ZHTOYMENO Mε βάση τον Πίνακα 1 να υπολογιστούν: -Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και -το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου D10S2314

Άσκηση 2η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 61 φοιτητών για τον μικροδορυφόρο DXS101 DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ

Δείγματα Τετάρτης Τ m mm m m 1 2 3*

Δείγματα Πέμπτης Π * m mm m m

ΔείγμαΓονότυπος Τ1Τ1 Τ2Τ2 Τ3Τ3 Τ4Τ4 Τ5Τ5 Τ6Τ6 Τ7Τ7 Τ8Τ8 Τ9Τ9 Τ10 Τ11 Τ12 Τ14 Τ15 Τ16 Τ17 Τ18 Τ19 Τ20 Τ21 Τ22 ΔείγμαΓονότυπος T23 T24 T25 T26 T27 T28 T29 T30 T31 Π1 Π2 Π3 Π4 Π5 Π6 Π7 Π8 Π9 Π10 Π11 Π12 ΔείγμαΓονότυπος Π13 Π14 Π15 Π16 Π17 Π18 Π19 Π20 Π21 Π22 Π23 Π24 Π25 Π26 Π27 Π28 Π29 Π30 Π32 ΠΙΝΑΚΑΣ 2 : Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον μικροδορυφόρο DXS101

2 o ZHTOYMENO Mε βάση τον Πίνακα 2 να υπολογιστούν: -Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και -το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου DXS101

Άσκηση 3η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 55 φοιτητών για τον μικροδορυφόρο DXS101 DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ

Δείγματα Τετάρτης 2012 m m mm m

Δείγματα Πέμπτης 2012 mmm m m 10 8*

ΔείγμαΓονότυπος Τ10 Τ11 Τ12 Τ13 Τ14 Τ15 Τ16 Τ17 Τ18 Τ19 Τ20 Τ21 Τ22 Τ23 Τ24 Τ25 Τ26- Τ27 Τ28 Τ29 Τ30 ΔείγμαΓονότυπος T31 Τ32 T33 T34 T35 T36 Π8 Π9 Π10 Π11 Π12 Π13 Π14 Π15- Π16 Π17 Π19 Π20 Π21 Π22 Π23 ΔείγμαΓονότυπος Π24 Π25 Π26 Π27 Π28 Π29 Π30 Π31 Π32 Π33 Π34- Π35 Π36 ΠΙΝΑΚΑΣ 3 : Αποτελέσματα ανάλυσης των γονοτύπων σας για τον μικροδορυφόρο DXS101

3 o ZHTOYMENO Mε βάση τις εικόνες των πηκτωμάτων των δειγμάτων σας, να καταγράψετε τους γονότυπους στον Πίνακα 3