The big project! 1 Ένα δύσκολο θέμα: +6 βαθμούς που μοιράζονται μεταξύ των μελών της ομάδας +3 για σωστή επίλυση του αλγοριθμικού μέρους +3 για το τελικό.

Παρουσίαση με θέμα: "The big project! 1 Ένα δύσκολο θέμα: +6 βαθμούς που μοιράζονται μεταξύ των μελών της ομάδας +3 για σωστή επίλυση του αλγοριθμικού μέρους +3 για το τελικό."— Μεταγράφημα παρουσίασης:

1 The big project! 1 Ένα δύσκολο θέμα: +6 βαθμούς που μοιράζονται μεταξύ των μελών της ομάδας +3 για σωστή επίλυση του αλγοριθμικού μέρους +3 για το τελικό πρόγραμμα (GUI)  Προφορική εξέταση στο θέμα  Παρουσίαση σε powerpoint στην τάξη στο τελευταίο μάθημα (10 λεπτά)  Δεν με ενδιαφέρει τι πακέτο θα χρησιμοποιήσετε. Απλά βρείτε την σωστή λύση.

2 The big project! 2 Ποσοστό πληρότητας: 80% Παράμετροι: ΥΠΟΛΟΓΙΣΕ! Video and/or cell images Σύστημα αυτόματου υπολογισμού κυτταρικού διπλασιασμού

3 Παράδειγμα Προγράμματος Matlab για Επεξεργασία Εικόνας

4 Επεξεργασία Εικόνας 4

5 Graphical User Interface (GUI) Θα πρέπει να ενσωματώνει στοιχεία όπως: Φόρτωση και αναπαραγωγή βίντεο ή φωτογραφίας Ρυθμιση παραμέτρων μέσω κατάλληλων πλήκτρων Επεξεργασία βίντεο ή εικόνας Αυτόματος υπολογισμός μεγεθών όπως αριθμός κυττάρων, confluency κ.α. Δημιουργία γραφικών παραστάσεων κάποιων μεγεθών (π.χ. χρονική εξέλιξη του confluency) Αποθήκευση των επεξεργασμένων αρχείων

6 Graphical User Interface (GUI) 6

7 Confluency Progress Graph 7 Ειδοποίηση του χρήστη σε προκαθορισμένα επίπεδα confluency

8 Παρόμοια Προγράμματα για Εντοπισμό Κυττάρων σε Matlab (από εδώ μπορεί κάποιος να δει έτοιμο κώδικα και να πάρει ιδέες) http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/34233-cell- segmentation-and- tracking/content/Cell%20Tracking/WDETV2/New%20Samy/CellTracking.m http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/34233-cell- segmentation-and- tracking/content/Cell%20Tracking/WDETV2/New%20Samy/CellTracking.m http://www.lmsc.ethz.ch/Research/CellTracker http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/systemsbiology/staff/bretschneider/celltr acker http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/systemsbiology/staff/bretschneider/celltr acker http://lccb.hms.harvard.edu/software.html http://physics.georgetown.edu/matlab/ http://mosaic.mpi-cbg.de/?q=downloads/toolbox_for_particle_tracking http://www.mosaic.ethz.ch/Downloads/phasecontrast http://www.scfbm.org/content/8/1/16 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/1/138.long

9 Χρήσιμη Βιβλιογραφία για Image Processing using Matlab Download from Library Genesis Project ( http://lib.freescienceengineering.org/index.php )http://lib.freescienceengineering.org/index.php Digital Image Processing Using MATLAB Introduction to Pattern Recognition: A Matlab Approach Fundamentals of Digital Image Processing: A Practical Approach with Examples in Matlab Applied Medical Image Processing: A Basic Course Image Processing with MATLAB: Applications in Medicine and Biology (MATLAB Examples) Digital Signal Processing for Medical Imaging Using Matlab Practical Image and Video Processing Using MATLAB Introduction to Digital Image Processing with MATLAB Biomedical Signal and Image Processing Feature Extraction & Image Processing for Computer Vision Machine Vision Handbook Multidimensional Signal, Image, and Video Processing and Coding Medical Image Analysis Robotics, Vision and Control: Fundamental Algorithms in MATLAB Digital Image Processing: An Algorithmic Approach with MATLAB Biosignal and Biomedical Image Processing Image Processing with MATLAB: Applications in Medicine and Biology Image Processing, Analysis, and Machine Vision Digital Image Fundamentals in MATLAB Το Help της Matlab είναι επίσης πολύ καλό, γεμάτο με παραδείγματα τόσο για Επεξεργασία Εικόνας, όσο και για δημιουργία GUI.

10 Contact Info Μαχαιράς Κώστας Ηλ.Ταχ.: k.mahairas ---- gmail.com τηλ : 210-772-3512 Θεόδωρος Σακελλαρόπουλος Ηλ.Ταχ.:teo.sakel ---- gmail.com τηλ: 210-772-1516 Δημήτρης Τζεράνης Ηλ.Ταχ.: tzeranis --- gmail.com τηλ: 210-772-1516 Νίκος Γεωργίου Ηλ.Ταχ.: nigeorgiou --- gmail.com τηλ: 210-772-1516