ΝΕΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ ΣΤΗΝ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΤΩΝ ΣΥΖΕΥΓΜΕΝΩΝ ΜΕ G-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΥΠΟΔΟΧΕΩΝ

Παρουσίαση με θέμα: "ΝΕΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ ΣΤΗΝ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΤΩΝ ΣΥΖΕΥΓΜΕΝΩΝ ΜΕ G-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΥΠΟΔΟΧΕΩΝ"— Μεταγράφημα παρουσίασης:

1 ΝΕΑ ΔΕΔΟΜΕΝΑ ΣΤΗΝ ΤΑΞΙΝΟΜΗΣΗ ΤΩΝ ΣΥΖΕΥΓΜΕΝΩΝ ΜΕ G-ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ ΥΠΟΔΟΧΕΩΝ
Σταμπολάκης, Χ.Κ.1, Θεοδωροπούλου, Μ.Κ.1, Μπάγκος, Π.Γ.2, Χαμόδρακας, Σ.Ι.1 1Τομέας Βιολογίας Κυττάρου και Βιοφυσικής, Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Αθηνών, Αθήνα 15701, 2Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, Πανεπιστήμιο Στερεάς Ελλάδας, Παπασιοπούλου 2-4, Λαμία 35100 Οι συζευγμένοι με G-πρωτεΐνες υποδοχείς (GPCRs) είναι διαμεμβρανικές πρωτεΐνες με χαρακτηριστική δομή, αποτελούμενη από 7 διαμεμβρανικές α-έλικες. Απαντώνται μόνο σε ευκαρυωτικούς οργανισμούς και παίζουν κυρίαρχο ρόλο στην επικοινωνία του κυττάρου με το περιβάλλον μέσω διαφόρων μονοπατιών μεταγωγής σήματος. Η σημασία των GPCRs. Στόχος της εργασίας είναι η ανανέωση της gpDB, ώστε να συμπεριλαβει όλες τις καινούργιες πληροφορίες που αφορούν τους νέους GPCRs και την ταξινόμησή τους. Η gpDB είναι μια δημόσια διαθέσιμη, σχεσιακή βάση δεδομένων, η οποία περιλαμβάνει δεδομένα για G-πρωτεΐνες, GPCRs, μόρια εκτελεστές και τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ τους.

2 Υλικά - Μέθοδοι Μέσα απο εκτενή έρευνα στη διεθνή βιβλιογραφία συγκεντρώσαμε όλες τις καινούριες οικογένειες GPCRs. Κάνοντας χρήση της ήδη υπάρχουσας ταξινόμησης στη βάση και με βιβλιογραφική έρευνα κατατάξαμε τους GPCRs σε κλάσεις, οικογένειες και υποοικογένειες . Στη συνέχεια, με τη βοήθεια της γλώσσας προγραμματισμού PERL, ανασύραμε τις καταγραφές που μας ενδιαφέρουν από την UNIPROT (Release 04-NOV-2008), αφού πρώτα την κατεβάσαμε τοπικά. Βιβλιογραφικά βρήκαμε πληροφορίες για εναλλακτικές ταξινομήσεις των GΡCRs.

3 Αποτελέσματα A Συνολικά συγκεντρώσαμε περίπου 15500 GPCRs. E
Anaphylatoxin Estrogen Formyl peptide Free fatty acid KiSS1-derived peptide Motilin Neuromedin U Neuropeptide AF/FF Neuropeptide S Neuropeptide W/B Peptide P518 GPCR Συνολικά συγκεντρώσαμε περίπου GPCRs. Με βάση τη λειτουργικότητά τους, τις ομαδοποιήσαμε σε οικογένειες (ταξινόμηση A – F) . Ταξινόμηση αντίστοιχη της IUPHAR. Τελικά οι πρωτεΐνες ομαδοποιήθηκαν σε 75 οικογένειες. E Cyclic AMP D Pheromone F Frizzled Smoothened C Calcium sensing GABA Metabotropic Glutamate Taste GPRC5 B Calcitonin Corticotropin Glucagon Parathyroid hormone VIP-PACAP Growth hormone- releasing hormone

4 Αποτελέσματα Xρησιμοποιήσαμε την ταξινόμηση GRAFS ως εναλλακτική μέθοδο ταξινόμησης

5 Αντιστοίχηση ταξινομήσεων A-F και GRAFS
Συμπεράσματα Η ταξινόμηση κατά GRAFS δεν χρησιμοποιεί οικογένειες, αλλά τα διαφορετικά γονίδια που κωδικοποιούν για τον υποδοχέα, αφού τα δεδομένα της είναι φυλογενετικά. Ομαδοποιήσαμε τα γονίδια παρόμοιων υποδοχέων σε οικογένειες, για να είναι δυνατή η σύγκριση. Μια λειτουργική οικογένεια μπορεί να περικλύει περισσότερες από μια φυλογενετικές “οικογένειες” Αντιστοίχηση ταξινομήσεων A-F και GRAFS A (57 οικογένειες)  Rhodopsin (72 οικογένειες) συμπίπτουν 42: διαφέρουν 19 B (8)  Secretin (10) : 2 C (5)  Glutamate (4) :1 F (2)  Friz/TAS2 (3) :1 Ύπαρξη σημαντικών διαφορών για συγκεκριμένες οικογένειες GPCRs, πχ Taste 2, Vasopressin, GPRC5 Η κλάση Adhesion δεν έχει σαφή αντιστοίχiση με κάποια λειτουργική κλάση Με τα δεδομένα που συγκεντρώσαμε θα επεκτείνουμε την ήδη υπάρχουσα βάση δεδομένων gpDB (Margarita C Theodoropoulou, Pantelis G Bagos, Ioannis C Spyropoulos and Stavros J Hamodrakas. "gpDB: A database of GPCRs, G-proteins, Effectors and their interactions." Bioinformatics Jun 15;24(12): ) και πιθανά να δώσουμε τη δυνατότητα μετάβασης μεταξύ ταξινομήσεων στην βάση.