C UCURBITURILS : Υ ΠΕΡΜΟΡΙΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΑΣΤΟΛΗ ΤΟΥ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΥ ΤΟΥ DNA ΑΠΟ ΕΝΔΟΝΟΥΚΛΕΑΣΕΣ ΤΥΠΟΥ ΙΙ. Χημεία Μακροκυκλικών Συστημάτων Κουρπά Κατερίνα Α.Μ.

Slides:



Advertisements
Παρόμοιες παρουσιάσεις
ΔΡΑΣΗ ΕΝΖΥΜΩΝ – ΜΕΤΟΥΣΙΩΣΗ ΠΡΩΤΕΪΝΩΝ
Advertisements

ΠΕΡΙΠΛΟΚΕΣ ΣΤΗΝ ΚΙΝΗΤΙΚΗ ΕΝΖΥΜΙΚΩΝ ΑΝΤΙΔΡΑΣΕΩΝ
Κατασκευή γονιδιωματικής βιβλιοθήκης.
Κατασκευή cDNA βιβλιοθήκης.
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 4ο ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΤΟΥ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΟΥ DNA
Δομή και λειτουργία πρωτεϊνών DNA και RNA: Μόρια της κληρονομικότητας
3.2 ΕΝΖΥΜΑ – ΒΙΟΛΟΓΙΚΟΙ ΚΑΤΑΛΥΤΕΣ
ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗ ΜΟΡΙΑΚΗ ΒΙΟΛΟΓΙΑ
ΑΠΟΜΟΝΩΣΗ ΝΟΥΚΛΕΪΚΩΝ ΟΞΕΩΝ (DNA ΚΑΙ RNA) AΠΟ ΦΥΤΙΚΑ ΚΥΤΤΑΡΑ
Δεύτερη γραμμή άμυνας 2ο ΕΚΦΕ Ηρακλείου
Το DNA είναι φορέας της γενετικής πληροφορίας
Ε Ι Σ Α Γ Ω Γ Η ΣΤΗ Β Ι Ο Λ Ο Γ Ι Α Από: ΒΕΡΩΝΗ ΕΙΡΗΝΗ.
Αβιοτικό περιβάλλον οργανισμοί.
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1ο ΓΕΝΕΤΙΚΟ ΥΛΙΚΟ ΜΕΡΟΣ Α
ΔΙΑΛΕΞΗ 12 Μεταγραφή/Μετάφραση.
Αντιγραφή, Επιδιόρθωση και Ανασυνδυασμός του DNA
ΔΙΑΛΕΞΗ 14 Τεχνικές Ανάλυσης – Πειραματικά εργαλεία για την
ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ, ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΡΥΘΜΙΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1ο ΓΕΝΕΤΙΚΟ ΥΛΙΚΟ ΜΕΡΟΣ Α.
Παν. Πάλλα - ΕΚΦΕ Ν. ΣΜΥΡΝΗΣ
ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΧΗΜΕΙΑ (Υπ.αρ.2 καταναλωτής υπολογιστικής ισχύος παγκοσμίως) α.Βιοπληροφορική β.Σχεδιασμός Υλικών Διερεύνηση στρατηγικών που διευκολύνουν.
Κατασκευή γονιδιωματικής βιβλιοθήκης.
ΠΕΡΙΟΡΙΣΤΙΚΕΣ ΕΝΔΟΝΟΥΚΛΕΑΣΕΣ
ΑΝΤΙΔΡΑΣΕΙΣ ΣΕ ΥΔΑΤΙΚΑ ΔΙΑΛΥΜΑΤΑ ΓΙΝΟΜΕΝΟ ΙΟΝΤΩΝ ΝΕΡΟΥ Kw
Μεταβολικές οδοί και ένζυμα
Καταλύτες: Ονομάζονται τα σώματα που με την παρουσία τους σε μικρά ποσά, αυξάνουν την ταχύτητα μίας αντίδρασης, ενώ στο τέλος της παραμένουν ουσιαστικά.
Ζαχαροπούλου Μαρίζα Λεκκός Βασίλης Στόγιος Κων/νος Μα τι είναι επιτέλους αυτό το DNA;
ΠΕΙΡΑΜΑΤΙΚΕΣ ΑΣΚΗΣΕΙΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ
ΟΡΓΑΝΙΚΕΣ ΕΝΩΣΕΙΣ Ενώσεις του άνθρακα με το υδρογόνο, το οξυγόνο και το άζωτο Οργανικές ενώσεις των οργανισμών είναι: Υδατάνθρακες (Σάκχαρα) Πηγή ενέργειας.
ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΑΝΑΣΥΝΔΥΑΣΜΕΝΟΥ DNA.
ΓΟΝΙΔΙΑΚΗ ΡΥΘΜΙΣΗ:Ο ΕΛΕΓΧΟΣ ΤΗΣ ΓΟΝΙΔΙΑΚΗΣ ΕΚΦΡΑΣΗΣ
ΠΡΩΤΕΪΝΕΣ Από: ΒΕΡΩΝΗ ΕΙΡΗΝΗ.
ΒΑΣΙΚΕΣ ΕΝΝΟΙΕΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ & Η ΔΙΔΑΚΤΙΚΗ ΤΗΣ Dr. ΜΙΧΜΙΖΟΣ ΔΗΜΗΤΡΗΣ
Πανεπιστημιο ιωαννινων – ιατρικη σχολη
ΣΧ0ΛΗ ΤΕΧΝ0Λ0ΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ & ΔΙΑΤΡΟΦΗΣ ΤΜΗΜΑ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ
Cryptands: Synthesis, Properties, Uses Πανεπιστήμιο Κρήτης - Τμήμα Χημείας Μπαγάκη Ανθή 6/5/2015.
Βιολογία Γ ’ Γυμνασίου. Ομοιόσταση Η ικανότητα των οργανισμών να διατηρούν το εσωτερικό τους περιβάλλον ( σύσταση και ποσότητα υγρών, θερμοκρασία, pH.
ΣΥΣΤΗΜΑ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΟΣ. ΜΗΧΑΝΙΣΜΟΙ ΜΗ ΕΙΔΙΚΗΣ ΑΝΟΣΙΑΣ 1.Ανατομικοί φραγμοί - Δέρμα - Βλεννώδεις μεμβράνες 2. Φυσιολογικοί φραγμοί - Θερμοκρασία - Ph -
Τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA- Ένζυμα περιορισμού Η τεχνολογία του ανασυνδυασμένου DNA αποτελεί τη βάση της κλωνοποίησης. Κλωνοποίηση είναι η τεχνική.
ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ, ΠΕΚ 2014 Γενετική μηχανική, ανασυνδυασμένο DNA, ΑΑΠ (PCR)
ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΑΖΩΤΟΥ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ Ι ΓΕΡΑΣΙΜΟΣ ΣΙΑΣΟΣ MD, PhD ΕΠΙΚΟΥΡΟΣ ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ
ΤΕΙ ΙΟΝΙΩΝ ΝΗΣΩΝ Τμήμα Τεχνολόγων Περιβάλλοντος Περιβαλλοντική Βιολογία Βιομόρια – Λιπίδια Περιβαλλοντική Βιολογία Βιομόρια – Λιπίδια Εισηγητής: Γ. Καρρής.
ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ, ΠΕΚ 2014 Στρατηγικές κατάλυσης. ΕΝΖΥΜΑ Βιολογικοί καταλύτες: επιταχύνουν κατά πολύ (> 10 6 ) τη ταχύτητα των βιοχημικών αντιδράσεων χωρίς να.
Βιομόρια Δρ. Αθ. Μανούρας TΜΗΜΑ TΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ Βιοχημεία.
Ένζυμα Δρ. Αθ. Μανούρας TΜΗΜΑ TΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ Βιοχημεία.
TΜΗΜΑ TΕΧΝΟΛΟΓΙΑΣ ΤΡΟΦΙΜΩΝ
Ένζυμα Ένζυμο: Πρωτεϊνικό μόριο που ενεργεί ως καταλύτης δηλαδή ως χημικός παράγοντας ο οποίος επιταχύνει μια συγκεκριμένη χημική αντίδραση χωρίς να καταναλώνεται.
ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ ΑΖΩΤΟΥ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ Ι
ΕΝΕΡΓΕΙΑ ΚΑΙ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΙ
Στρατηγικές κατάλυσης
ΤΕΙ ΙΟΝΙΩΝ ΝΗΣΩΝ Τμήμα Τεχνολόγων Περιβάλλοντος
ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ ΑΝΟΙΚΤΑ ΑΚΑΔΗΜΑΪΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ
Αν. Καθηγητής Ιατρικής Σχολής ΕΚΠΑ Εργ. Βιολογικής Χημείας.
ΕΙΚΟΝΑ 6.13 Θέσεις έναρξης αντιγραφής σε ευκαρυωτικά χρωμοσώματα. Η αντιγραφή ξεκινά από πολλαπλές θέσεις έναρξης (ori), καθεμία από τις οποίες σχηματίζει.
ΑΝΤΙΓΡΑΦΗ, ΕΚΦΡΑΣΗ ΚΑΙ ΡΥΘΜΙΣΗ ΤΗΣ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΑΣ
ΤΕΙ ΙΟΝΙΩΝ ΝΗΣΩΝ Τμήμα Τεχνολόγων Περιβάλλοντος
ΕΙΚΟΝΑ 7.5 Δομή της βακτηριακής RNA πολυμεράσης. Οι υπομονάδες α της πολυμεράσης απεικονίζονται με σκούρο πράσινο και ανοιχτό πράσινο χρώμα. Με.
ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΙΣΗ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ ΜΕΤΑ ΤΗΝ ΕΙΣΟΔΟ ΤΟΥΣ ΣΤΟΝ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟ Το μικρόβιο κατάφερε να περάσει στο εσωτερικό του οργανισμού διαπερνώντας.
Κατασκευή cDNA βιβλιοθήκης.
ΟΡΓΑΝΙΚΕΣ ΕΝΩΣΕΙΣ Ενώσεις του άνθρακα με το υδρογόνο, το οξυγόνο και το άζωτο Οργανικές ενώσεις των οργανισμών είναι: Υδατάνθρακες (Σάκχαρα) Πηγή ενέργειας.
Αμινοξέα-Πεπτίδια-Πρωτεΐνες
Τα ένζυμα στα απορρυπαντικά
Κεφάλαιο 5 Πίνακες.
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1 ΔΟΜΗ DNA. πειράματα πειράματα Βιοχημικά δεδομένα.
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 3ο ΜΕΤΑΒΟΛΙΣΜΟΣ
Χημική σύσταση του κυττάρου
Τεχνικές της Μοριακής Βιολογίας
AΝΟΡΓΑΝΕΣ ΕΝΩΣΕΙΣ Νερό H2O To πιο απλό μόριο που συναντάμε στη φύση
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1 ΔΟΜΗ DNA. πειράματα πειράματα Βιοχημικά δεδομένα.
Μεταγράφημα παρουσίασης:

C UCURBITURILS : Υ ΠΕΡΜΟΡΙΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΝΑΣΤΟΛΗ ΤΟΥ ΠΕΡΙΟΡΙΣΜΟΥ ΤΟΥ DNA ΑΠΟ ΕΝΔΟΝΟΥΚΛΕΑΣΕΣ ΤΥΠΟΥ ΙΙ. Χημεία Μακροκυκλικών Συστημάτων Κουρπά Κατερίνα Α.Μ. 853

C UCURBITURILS Μακροκυκλικά μόρια, που αποτελούνται από μονάδες glycoruril, οι οποίες συνδέονται με μεθυλενικές γέφυρες. Άτομα οξυγόνου εμφανίζουν κλίση προς το εσωτερικό σχηματίζοντας μια μερικώς κλειστή κοιλότητα. Cucurbit[n]uril (CBn) : n = αριθμός μονάδων glycoruril Ξενιστές για ουδέτερα και κατιονικά μόρια. Δέσμευση μέσω υδροφοβικών αλληλεπιδράσεων ή μέσω αλληλεπίδρασης κατιόντος- διπόλου. Το όνομα τους προήλθε από την ομοιότητα τους με την κολοκύθα της οικογένειας των Cucurbitaceae. Η τάση τους να ελέγχουν βιοχημικές λειτουργίες οφείλεται α) στη καλή διαλυτότητα τους στο νερό, β) στις υψηλές σταθερές δέσμευσης και γ) στη χαμηλή κυτταροτοξικότητα.

Σ ΥΝΘΕΣΗ Πρώτη φορά συντέθηκαν το 1905 (Behrend). Μείωση της θερμοκρασίας της αντίδρασης ( 75 ο C-90 ο C), οδηγεί στο σχηματισμό CB5, CB7, CB8, CB9, CB10.

Ε ΦΑΡΜΟΓΕΣ Υπερμόρια-ξενιστές Drug delivery Καταλύτες Dye Tuning Μακρομόρια στα rotaxanes

Π ΕΡΙΟΡΙΣΤΙΚΕΣ Ε ΝΔΟΝΟΥΚΛΕΑΣΕΣ Πρόκειται για ένζυμα που αναγνωρίζουν συγκεκριμένες παλινδρομικές αλληλουχίες ( 4-8 νουκλεοτίδια) του DNA και τις διασπούν πάντα στο ίδιο σημείο. Απομονώθηκαν αρχικά από βακτήρια, καθώς αποτελούν μηχανισμό άμυνας των βακτηρίων ενάντια σε εισβολή ξένου γενετικού υλικού (τύπου ΙΙ). Το βακτηριακό DNA προστατεύεται από τη δράση των ενδονουκλεασών.

Τ ΥΠΟΙ ΠΕΡΙΟΡΙΣΤΙΚΩΝ ΕΝΔΟΝΟΥΚΛΕΑΣΩΝ Τύπος Ι: κόβουν το DNA σε τυχαία θέση, μακριά από την αλληλουχία αναγνώρισης. Τύπος ΙΙ: κόβουν το DNA σε συγκεκριμένες θέσεις που βρίσκονται είτε κοντά, είτε μέσα στην αλληλουχία αναγνώρισης (ΙΙS, IIG). Τύπος ΙΙΙ: κόβουν το DNA έξω από τις αλληλουχίες αναγνώρισης αλλά απαιτούν δύο ίδιες αλληλουχίες εκατέρωθεν της θέσης αναγνώρισης. Τύπος IV: αναγνωρίζουν και κόβουν τροποποιημένο, συνήθως μεθυλιωμένο DNA.

ΈνζυμοΑλληλουχία αναγνώρισης KpnI 5’-G│GTACC-3’ 3’-CCATG│G-3’ SacI 5’-GAGCT│C-3’ 3’-C│TCGAG-5’ XapI 5’-R│AATTY-3’ 3’-YTTAA│R-5’ R: A or G, Y: C or T

α) CB7 προστατεύει τα πεπτίδια από την υδρολυτική αποικοδόμηση (πρωτεάσες). β) ●CB7 συναρμόζει αναστολείς της ανθρακικής ανυδράσης βοδιού ή της ακετυλοχολινεστεράσης ενεργοποιώντας έτσι καταλυτικές αντιδράσεις. ●το σύμπλοκο spermidine-CB6 καταλύει τον τοποϊσομερισμό του πλασμιδιακού DNA. CB6 εμποδίζει τη δράση της spermine (κόψιμο του πλασμιδίου) λόγω της συναρμογής.

Τα πειράματα πραγματοποιήθηκαν κάτω από ιδανικές συνθήκες pH, συγκέντρωσεις buffer, θερμοκρασίας και χρόνου πέψης. Αναστολή έως και 47%. Επανεργοποίηση του περιορισμού παρουσία του ισχυρού ανταγωνιστικού, spermine. Control θεωρήθηκε η αντίδραση παρουσία μόνο spermine κι όχι CB6. Επανεργοποίηση παρατηρήθηκε και παρουσία της ισχυρής CB6- binding αμίνης.

Ελέγχτηκε η ικανότητα το CB7 να αναστέλλει τη δράση των ενδονουκλεασών σε πλασμίδιο ή γραμμικό DNA ( 30%-60% αναστολή). Μεγαλύτερη αναστολή στο γραμμικό DNA. Ελέγχτηκε η ικανότητα των πολυαμινών 1-3 να επανεργοποιούν την αντίδραση περιορισμού.

Γραμμικό DNA και KpnI περιοριστική ενδονουκλεάση. Χρησιμοποιείται CB7 αντί CB6, ως αναστολέας (48% αναστολή). Για την επανεργοποίηση χρησιμοποιείται η πολυαμίνη putrescine. Το δείγμα control περιείχε μόνο την αμίνη. Συμπεράσματα Δεν υπάρχει ανταγωνισμός μεταξύ CBn και DNA για τη δέσμευση στις πολυαμίνες. Η παγίδευση μεταλλοϊόντος από το CBn δε θεωρείται αιτία της αναστολής. Η BSA προστατεύει από την ανασταλτική δράση του CBn μόνο όταν βρίσκεται σε μεγάλες συγκεντρώσεις στο δείγμα (KpnI, XapI, ενώ SacI δε χρειάζεται BSA). CB6 και CB7 συναρμόζονται με πρωτεΐνες που στο Ν-τερματικό άκρο έχουν αρωματικά αμινοξέα (Trp, Phe, Tyr) ή αλκυλάμινο αλυσίδες. Στο C-τερματικό άκρο συναρμόζονται λιγότερο ισχυρά.

Β ΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ Cátia Parente Carvalho, Amir Norouzy, Vera Ribeiro, Werner M. Naub and Uwe Pischel, Cucurbiturils as supramolecular inhibitors of DNA restriction by type II endonucleases, Org. Biomol. Chem., 2015, tes:_A ion%20enzymes.pdf endonucleases/restriction-endonucleases/types-of-restriction- endonucleases

Σ ΑΣ ΕΥΧΑΡΙΣΤΩ !