Η παρουσίαση φορτώνεται. Παρακαλείστε να περιμένετε

Η παρουσίαση φορτώνεται. Παρακαλείστε να περιμένετε

Δοκιμή και σύγκριση των λογισμικών DALI, CE, MATRAS, VAST για εύρεση και υπέρθεση της 3d δομής. Εφαρμογή τους σε πρωτεΐνες από την PDB Παρουσίαση από:

Παρόμοιες παρουσιάσεις


Παρουσίαση με θέμα: "Δοκιμή και σύγκριση των λογισμικών DALI, CE, MATRAS, VAST για εύρεση και υπέρθεση της 3d δομής. Εφαρμογή τους σε πρωτεΐνες από την PDB Παρουσίαση από:"— Μεταγράφημα παρουσίασης:

1 Δοκιμή και σύγκριση των λογισμικών DALI, CE, MATRAS, VAST για εύρεση και υπέρθεση της 3d δομής. Εφαρμογή τους σε πρωτεΐνες από την PDB Παρουσίαση από: Αθηνά Ροπόδη (ΠΙΒ004)

2 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

3 Εισαγωγή  Σήμερα, γνωρίζουμε πως οι συγγενικές πρωτεΐνες δεν χαρακτηρίζονται απαραίτητα από ομολογία στο επίπεδο της αλληλουχίας, αλλά μπορούν να διατηρούν παρόμοια δομή.  Είναι σημαντική η πρόβλεψη και σύγκριση των τρισδιάστατων δομών με βάση την αλληλουχία, τους πίνακες αποστάσεων ή τις συντεταγμένες των C-α στο χώρο.

4 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

5 Ο αλγόριθμος Dali  Χρησιμοποιεί πίνακες αποστάσεων, από X-ray crystallography και Nuclear Magnetic Resonance (NMR), που μπορούν να βρεθούν στη PDB.  Στοχεύει στην εύρεση της μεγαλύτερης κοινής δομής μεταξύ 2 πρωτεϊνών και έχει 2 βασικά βήματα: 1. Συστηματική σύγκριση στοιχειωδών υπομονάδων (patterns) και αποθήκευση των όμοιων patterns σε λίστα. 2. Ένας Monte Carlo αλγόριθμος αντιμετωπίζει τη συνδυαστική πολυπλοκότητα της σύνθεσης των patterns σε μεγαλύτερα κομμάτια.

6 dali_server/ Για εύρεση δομικά συγγενικών πρωτεϊνικών αλυσίδων. Χρειάζεται περίπου 0-3 μέρες, ανάλογα με το φόρτο εργασίας.

7 Αποτελέσματα για 8abp (L-ARABINOSE-BINDING PROTEIN)

8 /index.html? DaliLite για εγκατάσταση και εφαρμογή αλγόριθμου σε Linux…

9 Αποτέλεσμα για σύγκριση 8abp & 2lbp

10 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

11 CE method  Στοιχίζει πολυπεπτιδικές αλυσίδες με βάση το διάνυσμα μεταξύ των C -α. Τα ευθυγραμμισμένα κομμάτια αποτελούν τα aligned fragment pairs (AFPs).  Με ευριστικές μεθόδους βρίσκουμε τη βέλτιστη στοίχιση με την καλύτερη RMSD.  Οι αλυσίδες προσδιορίζονται ως: PPPP:C

12

13

14 Applet compare3D

15 Φορτώνουμε και υπερθέτουμε τις αλυσίδες με αντιπροσώπους διαφόρων βάσεων.

16 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

17 MATRAS  Προκύπτει από: MArkovian TRAnsition of Structure evolution  Εδώ, το σκορ ομοιότητας προκύπτει από τις μαρκοβιανές πιθανότητες μετάβασης και χρησιμοποιώντας μια μέθοδο αντικατάστασης αμινοξέων, όπως της Dayhoff.  Επιτρέπει pairwise & multiple alignment, καθώς και σύγκριση με τη βάση των αντιπροσώπων της PDB και τη SCOP

18 Παρουσίαση αποτελεσμάτων με διάφορα applets και plug-ins.

19 Αναζητώντας για την 8abpA στο 40% των representatives της PDB, σε μέσω e- mail, λαμβάνουμε τα αποτελέσματα.

20 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

21 VAST method  Ονομάστηκε από: Vector Alignment Search Tool  Κάνει σύγκριση μεταξύ των συντεταγμένων των C-α. Ο VAST υπολογίζει τη βέλτιστη υπέρθεση μέσω μιας p-value για μια σειρά συνδυασμών μικρότερων fragments που δεν αλληλοκαλύπτονται.  Οι συγγενικές αλυσίδες που βρίσκονται στην MMDB έχουν ήδη προϋπολογιστεί…

22

23 Cn3D  Επίσης, επιλέγουμε View Sequence Alignment και List

24 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

25 Συμπεράσματα  Το λογισμικό DALI είναι διαθέσιμο για εγκατάσταση στο σπίτι. Η αναζήτηση σε βάση διαρκεί περισσότερο.  Το CE δεν έχει διαθέσιμο λογισμικό, αλλά είναι αρκετά γρηγορότερο. Έχει, επίσης, applets που βοηθούν στην οπτικοποίηση και συγκρίνει και με αντιπροσώπους άλλων βάσεων.

26 Συμπεράσματα  Το ΜATRAS έχει πληθώρα applets για οπτικοποίηση και θέλει μέτριο χρόνο για την εκτέλεση σύγκρισης.  Τέλος, στο VAST οι συγγενικές πρωτεΐνες γνωστών αλυσίδων έχουν ήδη υπολογιστεί. Όμοια αποτελέσματα, άριστη εφαρμογή για 3D αναπαράσταση (Cn3D).

27 Outline  Εισαγωγή  Dali  CE  MATRAS  VAST  Συμπεράσματα  Βιβλιογραφία

28 Βιβλιογραφία  “Protein Structure Comparison by alignment of distance matrices”,1993, Liisa Holm & Chris Sander  “DaliLite workbench for protein structure comparison”, 2000, Liisa Holm & John Park  “Protein Structure Alignment by Incremental Combinatorial  Extension (CE) of the Optimal Path”, 1998, Ilya N. Shindyalov & Philip E. Bourne  "MATRAS: a program for protein 3D structure comparison", 2003, Kawabata T.  "Protein tertiary structure comparison using the Markov transition model of evolution“, 2000, Kawabata T., Nishikawa.K.  “Surprising similarities in structure comparison.”, 1996, Gibrat JF, Madej T, Bryant SH.  “Threading a database of protein cores”, 1995, Gibrat JF, Madej T, Bryant SH.  “Introduction to Bioinformatics”, Arthur M. Lesk, 2002,p

29 Τέλος…


Κατέβασμα ppt "Δοκιμή και σύγκριση των λογισμικών DALI, CE, MATRAS, VAST για εύρεση και υπέρθεση της 3d δομής. Εφαρμογή τους σε πρωτεΐνες από την PDB Παρουσίαση από:"

Παρόμοιες παρουσιάσεις


Διαφημίσεις Google